法律分析：棚户区改造的房屋有房产证。棚户区改造属于经适房的一种，棚户区改造房房产证和商品房房产证是没有本质上的区别，但其房产证在短期内不能办理，同时缴纳税赋没有统一的明确规定。
法律依据：《国务院关于解决城市低收入家庭住房困难的若干意见》 第十三条 加快集中成片棚户区的改造。对集中成片的棚户区，城市人民政府要制定改造计划，因地制宜进行改造。棚户区改造要符合以下要求：困难住户的住房得到妥善解决；住房质量、小区环境、配套设施明显改善；困难家庭的负担控制在合理水平。
《中华人民共和国城市房地产管理法》 第六十条 国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。