法律分析：公司恶意拖欠货款的处理办法有：签订还款协议。如果对方并不抵赖，只是拖延还款，那么可以与其签订还款协议，明确还款的方式和期限或向法院提起诉讼，起诉同时进行财产保全。
法律依据：《中华人民共和国民法典》 第一百八十八条 向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。