化学危害的主要来源有：
（1） 天然毒素：包括
河豚毒素、组胺、雪卡毒素、氰苷、棉酚等；
（2） 农药残留：包括有机氯杀虫剂、有机磷杀虫剂、氨基甲酸酯类杀虫剂、拟除虫菊酯类农药、
多菌灵杀菌剂和有机汞、有机砷杀菌剂等农药的残留；
（3） 兽药残留：包括抗生素类、磺胺类、呋喃类等药物的残留；
（4） 金属： 包括镉、铅、汞、砷、锌等的超标；
（5 ） 滥用
食品添加剂： 包括各种食品添加剂的超量、超范围使用等；
（6） 食品包装材料、容器与设备：包括塑料、橡胶、涂料、陶瓷、
搪瓷极其它材料等带来的危害；
（7）食品中的放射性污染：包括各种放射性同位素污染食品原料等造成的危害；
（8）其它：包括N-亚硝基化合物、多环芳族化合物、多氯联苯等。
物理学危害，主要包括各种外来物质对食品的污染、掺杂从而造成的危害，一般只要严格控制，即可达到要求。