两系杂交和三系杂交主要是指水稻的杂交。二系杂交水稻是由恢复系和不育系杂交而得，所以其命名就根据亲本材料的名字而命名。
三系杂交水稻包括：不育系，保持系，恢复系。杂交种子是由自交繁殖的恢复系和利用保持系繁殖的不育系，杂交而得。所以，要保证杂交水稻的成功，父本材料恢复系，母本材料不育系，以及保证不育系能够稳定遗传的保持系都要具备。而两系杂交水稻，是把恢复系和保持系结合使用，利用光敏，
温敏等材料繁育，使恢复系在不同气候条件下可以表现出保持系的特性。
三系杂交：不育系除了雄性器官发育不正常、花粉败育不能自交结实、抽穗吐颈不完全之外，其余性状与保持系基本无异。保持系与不育系杂交，获得的不育系种子供来年制种和繁殖用；不育系与恢复系杂交，获得的杂交水稻种子供下季大田生产用；保持系与恢复系的自交种子则可继续作为保持系和恢复系用。
二系杂交：,利用恢复系和不育系特性，光敏核不育系在长日照条件下栽培作母本，恢复系作父本，配制杂交种子；而在短日照条件下，光敏核不育系自交繁殖生产下一年制种所需母本种子。这样利用杂种优势时就可以不再需要保持系。