我是生物学的研究生，我搞的是基因工程。我在研究生一年级开始就可以破解一个染色体序列，现在研究生三年级，我的两年的心血都花在这个上面了。写好了一篇论文准备发表，没想到被我们导师发现了，（我其实早有准备，所以发的时候没有通过导师，直接从学校邮递出去，但是不知道怎么又到了导师手里）。导师批评我这个工作没有通知他，然后告诉我，我使用学校是实验室，所以第一作者应该写我们学校，通讯作者应该写我们导师，然后让我把我的名字排在第三。我当场比较急，表示我不干，然后我们导师就扣住我的材料（生物学要做实验的，有些附件是实物），让我考虑一下。结果过了一些时间，导师没有通知我，把我的东西发出去了，论文改了一些数据，并且改了署名，第一作者是我们院领导，下来是学院比较NB的几个老师，包括我们导师。
我现在想去理论，但是生怕我会得罪人。我该怎么办？