大多数蜥蜴吃动物性食物，主要是各种昆虫。壁虎类（Gekkonids）夜晚活动，以鳞翅目等昆虫为食物。体型较大的蜥蜴如大壁虎（蛤蚧，Gekkogecko）也可以小鸟，其他蜥蜴为食物。巨蜥（Varanus）则可吃鱼、蛙甚至捕食小型哺乳动物。
也有一部分蜥蜴如鬣蜥（Agama）以植物性食物为主。由于大多数种类捕吃大量昆虫，蜥蜴在控制害虫方面所起的作用是不可低估的。很多人以为蜥蜴是有毒动物，这是不对的。全世界6000种蜥蜴中，已知只有两种有毒毒蜥，隶属于毒蜥科（Helodermatidae），且都分布在北美及中美洲。
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生活习性
大部分的种类为肉食性，以昆虫、蚯蚓、蜗牛，甚至老鼠等为食。但也有以仙人掌或海藻为主食，或是杂食性的。
多数蜥蜴以昆虫及部分啮齿类为食，偶食家禽，其牙尖锐，具3个牙尖。草食性者(如鬣蜥)的牙冠宽，呈叶状，具锯齿状切缘。以软体动物、甲壳动物为食者(如凯门蜥属〔Dracaena〕)于腭後部有钝圆的牙用以碾碎。美国西南部的希拉毒蜥(Gila monster)及其墨西哥近缘种(Heloderma属)有毒，于激怒时方咬人，但罕致命，其下腭各牙内侧有纵沟或褶用以引出毒液。
多数蜥蜴的牙生于上腭骨、前腭骨及牙骨的边缘，少数种生于腭上。胚胎期前腭骨上有「卵牙」，从吻部向前突出，用于钻破卵壳，孵出後即退化。牙著生的方式多为侧生式，部分种为顶生式，避役的两眼可独立运动。许多蜥蜴有盐腺用以排出矿物质盐。肩带存在。
蜥蜴生境各异，生活于地下、地表或高大的植被中，沙漠及海岛中均可见。仅存的海生种为加拉帕戈斯群岛(Galapagos Islands)的海鬣蜥，食海藻。有几种蜥蜴部分水栖，食淡水生物。对蜥蜴最为重要的环境因素为温度，许多种有其「最适温度」，会晒太阳以升高体温，使之高于气温。
生活于寒冷地区的种冬眠。昼长对蜥蜴亦有影响。大部分蜥蜴为卵生，卵产于所挖穴中，树木、岩石的裂缝中，或落叶层下。有些蜥蜴(尤其是生活于高海拔、高纬度地区者)为卵胎生或胎生。多无护卵习性，但五线圆筒蜥(Eumeces fasciatus)在孵化期间守在卵边。
少数种(如Lacerta属及Cnemidophorus属)有孤雌生殖。 泄殖肛孔位于尾基部腹面，是尾与躯干部的分界。後者的孤雌生殖型为两个两性种的杂种。许多壁虎将卵产于同一地点。豢养条件下希拉毒蜥寿命可达25年，壁虎达20年。
多数蜥蜴昼间活动，壁虎多在薄暮至破晓之间活动，并能发出大声(而大部分蜥蜴不能发声)。蜥蜴的捕食方式为静候或搜寻。许多蜥蜴能将尾部自割，断下的尾能迅速扭动以分散捕食者的注意，蜥蜴得以逃脱。许多蜥蜴有领域行为(包括领域表演)或求偶表演。
许多种有股孔，可能用来分泌化学物质以吸引异性。蜥蜴对于人的经济意义不大。某些鬣蜥可食，有些可制革。壁虎栖于居室，可捕害虫，但可能传播沙门氏菌。蜥蜴是生物学的重要研究材料，又常饲为玩赏动物。