法律分析：1. 参保对象不同：灵活就业人员医保主要针对的是在用人单位工作的非本市户籍从业人员，未在用人单位参加职工医保的非全日制从业人员、以临时性和弹性工作等灵活形式就业的人员，还有从事个体劳动的人员等等。而职工医保主要针对的是企事业单位、社会团体等机构的员工等等。
2.缴费情况不同：以灵活就业人员的身份缴纳医保的话，通常都是自已按一定的基数和比例全额缴纳的，而职工医保则是由职工本人和单位共同缴费的。还有，灵活就业人员医保可以按月缴费，也可以选择按年缴费；而职工医保通常都是按月缴费的。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第二条 国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度,保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
第二十六条 职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。