少林寺下属一般分为十个堂院：罗汉堂，般若堂，菩提院，戒律院，证道院，忏悔堂，药王院，舍利院，藏经阁，
达摩院。据说古代有36个堂口。
（1）罗汉堂。这是大多数少林弟子习武修行的地方。罗汉堂主要专研拳、棍、阵法等，罗汉堂首座应是达摩院八大高僧中拳法最高的一位。
（2）般若堂。般若堂主要专研掌法、抓法等。般若堂首座应是达摩院中掌法和内功最高的一位。
（3）菩提院。菩提院主要专研刀法和各类特殊兵器、武功。菩提院首座应是达摩院中刀法和佛法最高的一位。
（4）戒律院。戒律院是惩罚犯戒弟子的地方。主要修习的是诸般
擒拿手和普门杖法。院中弟子有两大职能，即持戒和守律。持戒僧的职责是降服犯戒弟子，就好比警察的职责是拘捕犯人归案。守律僧的职责是位犯戒弟子定刑和宣扬本寺律法，就好比法官的职责是给犯人判刑并执行法律。这也决定了该院的武功是以擒拿为主，杀伤力并不大。但是戒律院首座的武功是达摩院中擒拿功夫最高的，凡是少林弟子，不论武功多高，只要没有习过擒拿手法，不懂得如何破解擒拿手，必会被戒律院僧人所擒伏。
（5）证道院。证道院是少林高僧修行佛法的地方，凡是能入证道院，一定是在佛法上有了相当的造诣。证道院不传武功，只传佛法。院门前的对联是：“佛门广大，普渡众生。” （6）忏悔堂。忏悔堂是给犯戒弟子关禁闭的地方。该堂弟子必须是严守本寺戒律的，武功在戒律院中属中游水平的，他的职能好比监狱的看守。忏悔堂门前的对联是：“苦海无边，回头是岸。”
（7）药王院。药王院主要研究少林寺的传统医术，药王院首座是全寺最精通医道的高僧，他的职能是为受伤的少林弟子治疗。
（8）舍利院。舍利院是超度圆寂高僧亡魂的地方。凡是寺中有道高僧，死后都将进入舍利院火化，然后将其骨灰藏于寺后
塔林之中。舍利院弟子还兼负全寺的清扫等勤杂事务，因此院中弟子大都武功低微。舍利院只有一种武功，那就是“铁帚功”。正因为舍利院不传武功，所以院中弟子只能靠到各院干活时看见的一些招式来自己练习。所以一旦有天资和悟性极高的弟子，往往武功能够自僻蹊径。
（9）藏经阁。藏经阁拥有全寺所有的武学秘笈和佛学经典。藏经阁弟子的主要职能是在阁外看守经楼。每日只有一次机会进入藏经阁，那就是做日常的清洁和书籍整理工作。藏经阁弟子武功不高，但大多是寺里轻功出类拔萃的弟子。又由于能每日接触浩如烟海的武学书籍，因此只有天资极高的弟子能够自习成材。藏经阁首座是寺里资格最老的僧人，并且不会武功，这就决定了藏经阁是不传武功的。但是舍利院和藏经阁却往往是寺中隐藏高手的地方。
（10）达摩院。进入达摩院是寺中
武僧的最高荣誉。达摩院只有八个席位，集中了全寺武功最高的八位大师，主要研究本派最精奥的武学。
（11）永化堂。 到了明朝，少林曹洞宗师无言正道受皇帝亲自封为当时少林寺住持，并创立了少林寺永化堂。