·地下一楼 红莲地狱
此层囚禁的犯人罪行较为没有那么严重，有一大片像森林的地方，上是树叶像刀一样是能够切开任何东西的“剑树”，下是像针一样刺穿人体的“针针草”，囚犯会因为毒蜘蛛和狱卒的追赶而来回奔跑，最后被这些叶子和草切的鲜血直流，不停的受尽痛苦折磨，路飞在此层遇上被狱卒追赶的小丑巴基。
·地下二楼 魔兽地狱
放置各种不同的凶暴魔界魔兽，最大的是巴基里斯克 ，老大则是斯芬克司，关在此楼层的囚犯知道自己早晚会成为魔兽的粮食，连害怕的力气都没有，MR.3就是被囚禁在这层。
·地下三楼 饥饿地狱
从灼热地狱上来后，基本不会给此楼层的囚犯任何食物和热量，MR.2就是被囚禁在这层。
·地下四楼 灼热地狱
大监狱署长麦哲伦的办公室，气温非常高，正如一个巨大的铁锅，全是滚沸的血池和火海，囚犯在入狱前要在此层被灼热来消毒。MR.1就是被囚禁在这层。
·地下五楼 极寒地狱
此层囚禁的都是过亿的悬赏海贼，关在此楼层的囚犯身处在比大冰库还低温的环境内，身体严重冻伤直到死亡，结冻地狱的森林里还饲养了大量的“军狼”。值得一提的是，这层由于气温过低因此没有安装任何电话虫。
·地下六楼 无限地狱
进去的都是些了不得的人，里面不是死刑犯就是终身监禁。根据小丑巴基表示，所关的罪犯为过于凶恶而从历史中抹消的怪物级人物，在这层的犯人都是十分强劲的家伙，下场死刑或终身监禁，由于在这层的犯人作恶多端，作出一些超出残酷程度的事件，所以普通人也不知道有这一层，海底大监狱看守长雨之子龙、卡特里娜‧戴彭、巨大战舰桑凡‧乌尔夫、大酒之巴克斯‧肖特便是被囚禁在这里的。
·地下五五楼 新人妖乐园
从大监狱的下水道进入后，穿越“不可能存在的路”才能到达的犯人们的秘密乐园（5，5区）。让许多犯人神秘消失的“魔鬼邀请”不过是个幌子。
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