一、领导不同
1、直属海关是指直接由海关总署领导，负责管理一定区域范围内海关业务的海关。
2、隶属海关是指由直属海关领导，负责办理具体海关业务的海关。
二、数量不同
1、直属海关：共有42个，除香港、澳门、台湾地区外，分布在全国31个省、自治区、直辖市。
2、隶属海关：共有562个，隶属海关是进出境监督管理职能的基本执行单位。
三、海关的职责不同
1、直属海关
（1）对关区通关作业实施运行管理，包括执行总署业务参数、建立并维护审单辅助决策参数、对电子审单通道判别进行动态维护和管理、对关区通关数据和相关业务数据进行有效监控和综合分析；
（2）实施关区集中审单，组织和指导隶属海关开展接单审核、征收税费、查验、放行等通关作业；
（3）组织实施对各类海关监管场所、进出境货物和运输工具的实际监控；
（4）组织实施贸易管制措施、税收征管、保税和加工贸易海关监管、企业分类管理和知识产权进出境保护；
（5）组织开展关区贸易统计、业务统计和统计分析工作；
（6）组织开展关区调查、稽查和侦查业务；
（7）按规定程序及权限办理各项业务审核、审批、转报和注册备案手续；
（8）开展对外执法协调和行政纠纷、争议的处理；
（9）开展对关区各项业务的执法检查、监督和评估。
2、隶属海关
（1）开展接单审核、征收税费、验估、查验、放行等通过作业；
（2）对辖区内加工贸易实施海关监管；
（3）对进出境运输工具及其燃料、物料、备件等实施海关监管，征收船舶吨税；
（4）对各类海关监管场所实施监控；
（5）对通关、转关及保税货物的存放、移动、放行或其他处置实施实际监控；
（6）开展对运输工具、进出口货物、监管场所的风险分析，执行各项风险处置措施；
（7）办理辖区内报关单位通关注册备案业务；
（8）受理辖区内设立海关监管场所、承运海关监管货物业务的申请；
（9）对辖区内特定减免税货物实施海关后续监管。
参考资料来源：百度百科——直属海关
参考资料来源：百度百科——隶属海关
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-=-=-=-=-福田保税区海关“5321”沙头角保税区海关“5322”等都是隶属海关