1、实生苗。利用种子播种长出来的苗称为实生苗。实生苗采用最原始的育苗方法，繁殖方法简单易行，生产成本低。果苗有主根，生长势强，适应性也较强，果树寿命长，但果树性状变异大。如把大桃子的种子播种后长成的桃树，果实很可能变小了、变差了。有句农谚“桃三杏四梨五年，无空莫种白果园”，说的就是从播种到开始结果，桃树要3年、杏树要4年、梨树要5年，至于白果树（银杏树）结果要60年。现在生产中用实生苗繁育的果树苗，一般都是做砧木。
2、嫁接苗。就是把一种植株的枝或者芽，嫁接到另一植株上，两者愈合、生长在一起而成为一个新个体的繁殖方法。被取用的枝或芽称为接穗，承受接穗的部分称为砧木，利用嫁接繁育出来的苗就是嫁接苗。
嫁接苗充分利用砧木的某些优势，保持接穗的优良性状不变。如柑橘嫁接时利用枳壳做砧木，就是利用了枳壳的抗寒、抗病、半矮化的优良特性，而接穗的性状一般也不会发生变异。嫁接苗成苗快、开花结果早，各种性状表现整齐一致，如桃、李、梨、葡萄等在第2年就开始结果，比实生苗要早。但嫁接苗的嫁接操作过程较烦琐，对技术要求比较高，生产成本也要比实生苗更高。
3、扦插苗。扦插苗是从植株上切取茎、根或叶的一部分，插在适宜的基质中生长而成的新植株。扦插苗能保存母本植株的优良性状，而且一般不发生变异，苗木整齐一致。育苗方法比较简单，成本低。但扦插苗没有主根，寿命比实生苗、嫁接苗要短，生长势不如实生苗，也容易退化；其开花结果早，一般1～2年就可开花结果。目前生产中主要有无花果、百香果、石榴、果桑等果树采用扦插育苗法培育种苗。
4、组培苗。组培苗是根据植物细胞具有全能性的理论，利用植株离体的器官（如根、茎、叶、茎尖、花、果实等）、组织（如形成层、表皮、皮层、髓部细胞、胚乳等）或细胞以及原生质体，在适宜的人工培养基及光照、温度等条件下，诱导出愈伤组织、不定芽、不定根，最后形成完整的植株。但组培育苗成本很高，一般都是专业的育苗公司才采用这种育苗方法。