这些被禁止或限制进口的植物及植物产品，很多涉及国际贸易的农产品，往往因影响正常贸易引起争端。为了解决这些问题，联合国粮农组织（FAO）在国际植物保护公约（IPPC）下，成立一个地区植物保护组织的技术磋商会，谋求建立一个能为各国公认的植物检疫原则和程序。并于1991年委托北美植物保护组织（NAPPO）起草了“生物体的传入和/或扩散对植物和植物产品形成的危险性分析步骤”（讨论稿），提出了包括三个阶段的危险性评价方案。这一文件比较系统地提出了有害生物危险性分析的步骤和评价内容，为逐步在国际间取得共识提供了良好的开端和基础。其后联合国粮农组织国际植物保护公约秘书处于1995年在此基础上经过广泛征求意见，提出了“有害生物危险性分析的指导大纲”发给有关各国及地区植保组织。该大纲将PRA过程分为三个阶段：
第一阶段PRA（有害生物风险分析）的起始
PRA有两个起始点，一个是通过途径，另一个是通过生物因素。
（1）通过途径起始。
即通过对进口农产品（植物及植物产品）分析是否有可能传带检疫性有害生物。当出现以下几种情况时：
①进口一种新的农产品，或从一个新区进口农产品时。
②因育种或科研需要引进新的植物种时。
③对某一特定农产品需要制定检疫法规时。
④农产品以外的途径（如邮件、旅客包裹、垃圾或自然传播）。
以上均需列出通过这些途径可能传带的有害生物名单，删除其中非检疫性有害生物，对认为符合检疫性有害生物定义的，进入下阶段的分析。
（2）通过生物因素起始。
即当出现以下几种情况时：
①在PRA地区有新的有害生物发生或流行时。
②在进口农产品中截获到新的有害生物时。
③为科学研究证实的新的有害生物。
④从PRA地区以外新的地区传进某一有害生物时。
⑤有报告指出某有害生物，在PRA地区以外新的地区，具有比原发生地更大危害时。
⑥经常被截获的特定有害生物。
⑦应科学家教育家生物学家或商业的申请进口某些生物时。
⑧为修改植物卫生法规政策而涉及的，或其他国家国际组织所建议的特定有害生物。
这些特定的有害生物均需进入下阶段分析。
第二阶段有害生物风险分析
包括以下四方面的评估：
（1）地理的及管理情况的评估。
对每一有害生物都要按以下几种情况确定是否符合检疫性有害生物的定义：
①如该有害生物在PRA地区内已有发生，并已广泛分布，达到生态极限，则该有害生物不符合检疫性有害生物定义，即停止于此不再继续进行分析。
②如该有害生物在PRA地区内已有发生，但分布不广，尚未达到生态极限，并且已对其施行官方防治，则可认定符合检疫性有害生物的定义。
③如该有害生物尚分布不广，而正在考虑将要进行官方防治时，则需确认是否应当实施官方防治，如得出应进行官方防治的结论，则可认为符合检疫性有害生物的定义。
④如该有害生物虽分布不广，但尚未实施官方防治时，且未考虑将要实施时，则认为该有害生物不符合检疫性有害生物的定义，即停止于此不再继续进行分析。
⑤如该有害生物在PRA地区内尚未发生，则可认为符合检疫性有害生物的定义。
（2）经济重要性评估。
包括以下三方面的评估：
①定殖可能性。为进行定殖可能性的评估，需要从该有害生物的原发生地取得可靠的生物学资料，（如生活史，寄主范围，流行学，适生性等），将PRA地区和原发生地进行详细比较和专家的判断。评估的因素主要有：
a.在PRA地区内寄主的数量，分布的有效性。
b.PRA地区环境条件适合性。
c.有害生物自身的适应能力。
d.有害生物的繁殖策略。
e.有害生物的生存方式。
如该有害生物在PRA地区无定殖可能时，则认为该有害生物不符合检疫性有害生物的定义，即停止于此不再继续进行分析。
②定殖后的扩散可能性。根据该有害生物的原发生地的生物学资料，将两地进行详细比较，和专家判断。评估的因素主要有：
a.当地的自然及管理环境对有害生物的自然扩散的适合程度。
b.随农产品或运输工具的移动。
c.农产品的使用目的。
d.在PRA地区内该有害生物的介体。
e.在PRA地区内该有害生物的天敌。
在评估扩散潜能时还要考虑，有害生物进入并定殖在经济重要性较小的地区后，向经济重要性大的地区的扩散。这对第三阶段的危险性管理分析中，决定应进行控制或应予以根除，是非常重要的。
③经济重要性评估。为评估有害生物的经济重要性，需要从有害生物的发生地取得信息，不论该有害生物危害是大是小，是经常还是不经常。如有可能还需要生物的或非生物的，尤其气候的信息。通常需考虑的因素有：
a.危害的类型。
b.农作物的损失。
c.出口市场的损失。
d.防治费用的增加。
e.对不断发展的综合管理的作用。
f.对环境的危害。
g.对其他有害生物作为介体的能力。
h.对失业等社会费用。
如该有害生物对PRA地区不具有潜在的经济重要性，不符合检疫性有害生物的定义，PRA即停止于此不再继续进行分析。
（3）传入的潜在可能。
传入的可能取决于从出口地到目的港的途径，和与其相连的有害生物数量及频率。对传入的潜在可能性的评估，需要考虑进入（entry）与定殖（establishment）两方面的因素。
①进入因素。
a.农产品被污染或传带有害生物的机会。
b.有害生物在运输环境下的生存。
c.进口检验对该有害生物检出的难易。
d.有害生物以自然方式传进PRA地区的数量和频率。
e.从其他国家任何指定港进入的旅客的数量和频率。
②定殖因素。
a.农产品托运的数量和频率。
b.与运输工具相连的指定有害生物数量。
c.农产品的使用目的。
d.在PRA地区内运输期间及目的地的寄主适用性和环境条件。
经第二阶段对有关信息的分析和专家判断，证实该有害生物具有充分的经济重要性，及传入的可能性，得出对植物卫生管理具有足够的危害性，即可进入第三阶段的分析，否则，对该有害生物的PRA即停止于此。
第三阶段有害生物管理
（1）危害处理的选择。
为使有害生物的危害降到可接受的水平，提供下列一些选择：①列入禁止有害生物名单。②出口以前的检疫措施和检疫证书。③提出在出口前有关处理来自非疫区产地生育期检查证明书等方面的要求。④入境时的检验。⑤在入境地，检验站或终点地进行处理。⑥扣留在入境后隔离检疫站。⑦采取限制该农产品的使用或进行防治等入境后的措施。⑧禁止从特定产地的特定农产品入境。
（2）各项选择的功效和效果。
为评估项选择，可将有害生物的危害降到可接受的水平的功效和效果，需对下列各项进行评估：①生物学的有效性。②实施的费用/受益。③现有法规的功效。④商业效益。⑤社会效益。⑥对植物检疫政策的考虑。⑦贯彻新法规的时间。⑧对防备其他有害生物选择的效用。⑨环境效益。
对这些选择的正反两方面效果，均需给以说明。
对这些分析评估的过程，都要制定文件记录在案，以供复审或发生争论时备查。对进口植物及植物产品的风险性分析，近年我国也进行过大量工作，如：输入棉花的害虫风险性分析、与引进小麦相关的有害昆虫风险评估、输入小麦的有害生物风险分析、进口小麦与大麦疫情分析等工作等，为我国制定检疫管理提供了科学依据。