植物保护的基本方法一般分为5大类，即：植物检疫、农业防治法、生物防治法、化学防治法、物理机械防治法。
植物检疫是为防止危险性病、虫、杂草随着作物种子、苗木及农产品的调运和交流从1个地方传播到另1个地方，依靠国家或地方制定的植物检疫法规，对调运的种子、苗木和农产品的疫病、害虫及杂草等有害生物进行检疫检验和监督处理，杜绝危险性病虫杂草传入、传出及蔓延危害。
农业防治法是结合一系列农业栽培技术措施，有目的地改变或调整某些环节，创造有利于农作物生长发育，而不利于病虫杂草发生发展的环境条件，从而抑制或控制病虫草害。其内容包括选育和利用抗病虫作物良种、调整作物布局和播整期、合理轮作倒茬和间作套种、深耕改土、合理密植、加强田间管理、科学施肥用水、清洁田园，适时收获等。
生物防治法是利用某些有益的生物或生物的代谢产物来防治病虫草害的方法。主要包括以虫治虫、以虫除草，以菌治虫治草3个方面的内容：
以虫治虫：保护利用当地自然天敌、人工饲养释放天敌或从外地引进天敌，例如瓢虫、草蛉、寄生蜂等有益天敌，可有效地控制某些害虫。
以虫除草：利用某些植食性的专化性的昆虫可有效地食除杂草。
以菌治病、治虫、治草：利用某些微生物（如真菌、细菌、病毒、放线菌）及其代谢产物（包括生物农药），如治虫的白僵菌、苏云金杆菌、青虫菌，治病的井冈霉素、春雷霉素，防除寄生性杂草菟丝子的真菌除草剂鲁保一号等。
化学防治法是利用化学农药来防治作物病虫草鼠害的防治方法，称为化学防治或药剂防治。
化学防治的优点是防治对象广，防治效果高、速度快，使用方法简便，受地区性限制小；其缺点是导致病菌或害虫产生抗药性，杀伤天敌、破坏生态平衡，引起环境污染及人畜中毒等。
化学防治是综合防治体系的重要组成部分，.目前仍然是控制病虫草鼠害的重要手段，将来也会是不可缺少的防治技术之一，关键在于如何安全、合理地使用农药，扬长避短。
物理及机械防治法就是利用各种物理因素、机械设备及现代化工具来防治病虫草害的方法，包括阻隔、诱集、诱杀、人工机械捕杀以及温湿度、放射能和激光等的利用等。