工人违反操作规程发生安全事故，由单位负责。 因为工人是职务行为，单位承担责任后，可以对故意或重大过失的工人进行追偿。不论工人是否违反安全操作规程发生的事故，公司都要负责任，不会因为签协议就推脱管理责任，所以先去做伤残鉴定，如果公司拒绝垫付，赔付医疗费用，可以起诉至法院先于执行，然后再索赔。
法律分析
劳动者违反安全操作发生事故的，如果劳动者受伤属于工伤，依然有权力要求用人单位支付全额的工伤待遇。劳动者违反安全操作发生事故造成的经济损失，用人单位可以根据劳动者的过错原则要求劳动者承担，具体的比例这需要区别对待。劳动者故意造成的损失需要100%全额赔偿；比如因为失恋啊、心情不好啊，故意破坏用人单位的产品、设备等；劳动者存在重大过失的，50%左右；明显可以避免的错误，比如因为违章操作给用人单位造成了经济损失的、喝酒后工作造成损失的，可以要求劳动者承担一半左右的损失；劳动者一般过失或者正常工作不存在主观故意或重大过失的，造成的经济损失，无论大小，均不应让劳动者承担。比如让没有保管义务的销售员承担盘点后的货物损失。用人单位不能将经营风险转嫁给劳动者。安全工作要立足防范，按照安全第一，预防为主的方针，层层建立安全工作责任制。
法律依据
《中华人民共和国安全生产法》 第一百零四条 生产经营单位的从业人员不服从管理，违反安全生产规章制度或者操作规程的，由生产经营单位给予批评教育，依照有关规章制度给予处分；构成犯罪的，依照刑法有关规定追究刑事责任。
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