坚持由历史生产认识，解决了认识来源上的唯物主义问题，同时能够辩证地解决本质－现象的发生原理。以《剩余价值理论》为例，它把握的是“剩余价值——各种收入”的整全认识。（《资本论》第四卷的逻辑：认识发生学，《当代经济研究》2012年第10期 ）这就把经济认识和唯物史观批判有机结合了起来。
《资本论》第四卷实践的逻辑是：范畴发生的认识机理。在这种意义上，它使范畴的“生产”实践化，首要性地贯彻了“认识”由“历史”生产的原则。历史部分和理论部分的相互构成形成总的写作逻辑，历史部分确立了后续研究的理论指针。
方法论意蕴是：（1）根据历史生产方式的“自然生长”，显露范畴的内核的生理结构——（剩余）价值；（2）由范畴生产上的层级运动，揭示“结构生长”的历史性；（3）通过“理论”的总体生产，最大程度地彰明方法论批判和认识论批判的内在结合性，具象出政治经济学批判的实践工作路线。因此，它否决了考茨基非法编纂《剩余价值学说史》的错误要求。《资本论》整体上也就统一了“两种认识发生学”：即基于客观过程的语言生产和基于主观过程的范畴批判。统一了历史的方法与范畴的方法，即关于历史发展的逻辑和关于认识本身的逻辑。这种整体性研究树立了政治经济学方法论的构造典范。
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以上论述表明，资产阶级的认识形式科学是“思想真值”（真相）与“思想假值”（假象）的相互依存和齐头并进的生长过程史。
即在历史部分，马克思确实由探讨“范畴史”起步，但很快深入到了揭示这种历史范畴的内在的生理结构的行程中。当然，这同时是他在1840年代后，“就着手实际地（请注意这点）研究材料”，因而能够“从各个社会经济形态中取出一个形态（即商品经济体系）加以研究，并根据大量材料（他花了不下25年的功夫来研究这些材料）对这个形态的活动规律和发展规律作了极其详尽的分析”的结果。
理论部分的第一卷总体解决了这个历史范畴的“如何来”的问题；接下来的二、三卷，马克思可以正面地集中阐明它的社会历史的生理结构和生活功能形态，使这个历史形式同其在“社会表面上”、“互相作用中”，“在竞争中，以及在生产当事人自己的通常意识中表现出来的形式”，“一步一步地接近”。
理论部分最终完成了这个范畴的历史生活化，以至社会生活化。现象和范畴得以在生活层面统一：历史和范畴的统一，转为范畴和生活本身相统一。
所以，历史部分余留下来的就只是对“认识生活化”的阐述，即阐明已经产生了的科学范畴的认识生长史。
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归根结底，关于马克思经济理论研究的方法论，拉法格说明：“马克思不是用公理、定理、系论和辅助定理的理论形式来叙述自己的解释历史的方法；他只是把这种方法当作研究的工具，用简练的语言表述这一方法并在实践中加以检验。”
熊彼特则说，“实际上他获得了一个有关经济学的基本的方法论”，“他在一流经济学家中第一个懂得并系统地教授经济理论如何可以进入历史分析、历史的叙述怎样转变为历史论证。”为此，“他并不想解决和统计学有关的问题，但这意味着他要解决其他的问题”（即“充实他的社会学框架”），“它没有成功，但在此过程中，它确立了目标和方法。”
一言以蔽之，《资本论》的整体性研究无疑为政治经济学方法论的构造确立了典范。
在实践态上，它包括三个“解释”层级：逻辑模型——解决“如何来”的问题，确立“能够解释”的基础；理论模型——回答“为什么”的问题，建立“解释模型”（数学模型只是它的必要的表现形式）；计量模型——进一步解决和回答“是什么”的问题，查找和辨明质和量之间的“确定性联系”。
最后的层级是真正意义的“实证分析”，是在对事物的具体属性进行分门别类的实际分析的基础上，寻求“真正的知识”；这是“真正的实证科学”，但是，研究前提只能够是：“它从现实的前提出发，它一刻也不离开这种前提。”所以，仅仅以这样的前提为“研究条件”：“只要描绘出这个能动的生活过程，历史就不再像那些本身还是抽象的经验论者所认为的那样，是一些僵死的事实的汇集，也不再像唯心主义者所认为的那样，是想象的主体的想象活动。”并始终坚持“前提批判”。这意味着，对认识形式科学的批判是与能动的生活过程联系着的知识生产的永恒的切入点和结束点，是它们的不能间断的连结环节。