曹洞宗在立宗之后，在10至11世纪前半期150余年的历史中尚未得到长足发展，以1064年，投子义青接续法脉的戏剧性情节作为分界线，此后就是曹洞宗真正展开生发的年代，芙蓉道楷便是“中兴”之祖，以他为新的历史起点，曹洞宗在此后几个世纪之中，呈现出一种饶有意趣的梯次发展局面（丹霞子淳和净因自觉在其间作了必要的铺垫和过渡）：
第一梯次是北宋末到南宋前期的宏智正觉。
第二梯次是贯穿南宋中后期的长芦清了一系。
第三梯次则是直接发端于南宋，盛行于金元时代北方的净因自觉一系。
具体地来说，从两宋之际兴盛起来，活跃于南宋的曹洞宗禅师，以丹霞子淳系为主。子淳门下发端出宏智正觉、长芦清了两支。
宏智正觉之所以出类拔萃，超徒越众，蔚然成为道楷中兴曹洞宗之后的先锋人物，是有其深刻的历史因缘的。
宏智正觉（1091－1157）是隰州（治今山西隰县）人，俗姓李。七岁能诵儒典，日诵数千言，其祖父与父亲两代都是深受禅宗薰陶的知识分子，参询禅师，诵习《般若》不辍。如此则使正觉少小与禅宗固结深缘，十一岁出家，十四岁受具足戒，十八岁开始游方参学。其先游踪北地中原，首参汝州（治今河南临汝）香山寺枯木法成禅师。此法成即芙蓉道楷弟子，亦曾受诏住持汴京名寺，名重当代。正觉二十三岁，得遇丹霞子淳，随侍五年，先掌记室，后升首座，并随子淳从中原南迁，此间得子淳传法。子淳入灭后，受清了之邀，曾往真州长芦（在今江苏仪征县）为清了之首座。子淳门下两大弟子理共住一寺。宋室南渡之后，建炎三年（1129），正觉开始住持明州天童寺（在今浙江宁波），此后近三十年间，除曾应诏住持杭州灵隐寺数月之外，均住天童寺，其倡“默照禅”即在此期间，卒谥“宏智禅师”。有《宏智正觉禅量广录》传世。
有宋禅宗史上，正觉的突出成就，在于其倡导“默照禅”，为南宗禅（主要是曹洞禅）的一种非主流传统——坐禅传统创造和阐明了充分的理论根据，具有强烈的指导修行实践意义。他的朋友兼论敌大慧宗杲禅师评其“烹佛烹祖大炉鞴，锻凡锻圣恶钳锤”，此言可谓知人，而评其“起曹洞于已坠之际，针膏肓于民死之时”则值得深思，深思宗自投子义青续法，至芙蓉道楷门下，已然中兴，楷入住帝京赐紫封号，其门徒如法成者亦享此殊荣，正可谓方与未艾之际，宗杲何以断言其“已坠”和“必死”只有首先弄清此一关键，然后总可言“默照禅”要旨。
简略地来说，曹洞自洞山曹山开宗，九传至于宏智正觉，其间几三百年，曲折多舛，间有高僧如警玄、义青、道楷辈出，但是，一个带有根本性的问题始终未能解决，这就是适应立宗之后的需要、创建本宗独有的一整套思想理论体系，并使之在可操作层面完善成熟，对本宗修行实践具有根本的指导意义——惜乎从洞曹两代起，即一直未能彻底解决此一问题，前文已详细分析，曹洞立宗之前以“偏正回互”论成立为标志，即已具备思想的早熟性质，洞山曹山两大师使之更为丰富缜密有加，完成成熟，而在寻找新的理论生长点和依据上则未及开拓，特别是有关本宗在南宗禅法体系之内存在的合理性——其中最突出的是坐禅看经、融会别宗甚至外学（如儒道）这一系列迥异南宗禅主流（洪州、临济）的本宗特色，一直未能正面阐明，随着曹洞宗的次第传承，这个矛盾越来越突出；旧有的“偏正回互”、“君臣五位”的学说日益不能满足需要，尤乏可操作性（历代禅师渐次弃置不言及即是明证），而新的理论体系又未曾建立起来，其矛盾结果事关曹洞宗生死存亡。是以，先有大阳警玄途穷思变、壮士“断腕”于前，尔后即便在芙蓉道楷中兴繁华的表象之下，理论上无以立足的危机依然深重。反之，临济名僧宗杲以临济禅法蔚为南宗主流、体大思精、大机大用之显赫背景，冷眼观之，看破曹洞致命危机所在，自是意料中事，故云其时曹洞仍在“已坠之际”、“必死之时”！他猛烈抨击“默照禅”，却又高度赞扬“默照禅”起曹洞于必死绝境、使其起死回生之功，这一矛盾态度真可谓旁观者清，最得曹洞宗实际。
明乎此，则知宏智正觉“默照禅”针砭之深切，注重坐禅，自石头、药山以来，至曹洞立宗以后，一直是石头宗系和曹洞宗的修行实践传统特色，如果说那些属于形而上的义理特色可以随时间推移而有所淡化、脱落，那么重坐禅这一传统则贯穿修行实践，未能回避，如何与北宗禅之坐禅观心、拂尘看净传统划清界限，与惠能南宗明心见性、直下顿悟之宗旨保持一致，进而言之，如何对曹洞宗修行实践提出根本性的指导方针，为其后发展开拓生存空间——以上正是正觉禅师入手处。
“默照禅”者，合守默静坐与般若观照之谓也。正觉自作《默照铭》云：
“默默忘言，昭昭现前。鉴时廓尔，体处灵然。灵然独照，照中还妙。露月星河，雪松云峤。晦而弥明，隐而愈显。鹤梦烟含，水含秋远，浩劫空空，相与雷同，妙存默处，功忘照中。……正偏宛转，明暗因依。……回互底时，杀活页纸我。……吾家底事，中规中矩。传法诸方，不要赚举。”
正因为切中修行实践要害，找准了新的理论生长点，正觉认为“默照禅”能给曹洞学人以中规中矩、不被赚举之信心。这里，既包含和坚持了偏正回互、理事泯融的形而上理念，又更是一种切实便利的习禅方法，他明确否定北宗禅法，认为神秀所谓“身是菩提树，心如明镜台”是区分“雪里粉”、“墨中煤”的荒谬之举，指出默照者并非观心看净，没有一个身、心一类的特定观照对象，不仅要求习此禅法者去除一切观照对象之念，而且连坐禅者自身也要休歇、融入“空”中：“照与照者二俱寂灭，于寂灭中能证寂灭者是你自己。若恁么，桶底子脱去，地水火风，五蕴十八界，扫除无余。”
通观“默照禅”之禅法，正觉既坚持和发展了石头希迁以来禅法宗旨，并将其推展到彻底空心之极致，使曹洞禅法落到实处、站稳脚跟，同时又大胆扬弃了洞、曹二宗师名相过于繁琐之弊，一改本宗素来不事张扬宣传传统，提出简便易行、富于吸引力的主张，所传心要，较之往圣，删繁就简，明白晓畅，号召力极强。其矛头所向，直指人心：“参禅一段事，其实要脱生死，脱生死不得，唤什么作禅？”如此直下了当，不能不令曹洞生命力全活，宗风大振！无怪乎正觉住天童，四方学者争相奔凑，逾千二百，其住天童垂三十年，寺屋几千间，无非新者，因缘时节至此而备，天童寺遂为一代习禅中心，此千百学人，得法之后大多“分化幽远，晦迹林泉”，如龙归沧海，虎放南山，虽山海之大不显其迹，而龙吟虎啸，其影响之大岂可蠡测。
宏智正觉“默照禅”禅法馨香犹温，长芦清了一系又连绵继起，是为曹洞禅入南宋发展之第二梯次。
长芦清了（1091－1152），法号真歇，左绵安昌（在今四川）人，俗姓雍。嗣法于丹霞子淳，然游历广泛，登峨嵋，朝五台，入京师，访禅讲名席，积磨炼之功，南游诣长芦，先为祖照禅师充作侍者，后一语投契，继其法席，有语录二卷行世，曹洞宗善于融会诸宗特色，至南宋之际，已然袒露于世，无所回避，其中最为传统者当属曹洞与华严相为表里，清了即著有《华严无尽灯记》，融华严入禅，其末有偈云：
镜灯灯镜本无差，大地山河眼里花。
黄叶飘飘满庭际，一声砧杵落谁家。
又作《净土宗要》，提倡念佛，强调“信知乃佛乃祖，在教在禅，皆修净业，同归一愿。”表现强烈的融会禅、净、教思想。
天童宗珏（1090－1160），一名大休，舒州人，俗姓郑。师事长芦清了禅师，嗣其法。住明州天童寺，学众恒逾300，较之前辈，曹洞规模至此又见大增。
雪窦智鉴（1162－1191），滁州人，俗姓吴。曾谒长芦清了禅师，时宗珏以首座示以方便，遂隐居苦参，久之得悟，乃嗣宗珏法绪。住明州雪窦（在今宁波），以本色接人，四方远来学法，门风大振。
天童如净（1162－1128），明州苇江人，俗姓俞。初参雪窦智鉴，鉴问：“汝名什么？”净曰：“如净。”鉴曰：“不曾污染，净个什么？”净莫措。一日白鉴曰：“愿乞某充净头。”鉴曰：“不曾染污，净个什么？若道行，许汝净头。”净又莫措。阅数月，鉴召净室内曰：“前来一拶，道得也未？”净拟议，鉴大叱：“出！”如果激发数番。一日，忽上方丈，白鉴言：“某甲道得。”鉴曰：“纵脱臼窠，即落便宜，如何道得？”净拟进语，鉴便打，于是豁然有省，连声叫曰：“某甲道得，某甲道得。”鉴微笑，即请充净头，从受鉴会嘱大法，为曹洞法嗣。因其身长而豪爽，时人称为净长，后世号为“长翁”。相继住建康府清凉寺、台州净土禅寺、临安府南山净慈寺和明州天童寺等东南名刹。住天童四年，学者辐凑、门庭清严，海内以为法式。临终遗偈曰：“六十六年，罪犯弥天。打个跛跳，活陷黄泉。咦，从来生死不相干！“嗣其法者有鹿门觉、石林秀等人，日本京都僧人永平道元于宋理宗宝庆元年（1225）谒见如净。两年后，如净竟许为法嗣，传芙蓉楷祖法衣、《嗣法书》、《自赞顶相》和《宝镜三昧》、《五位显诀》等，与道元携返日本。
天童如净在南宋曹洞宗史上有殿军之慨，这与其个人风格大有关系，其为人豪放，见处高迈，放言纵谈，痛斥时弊，则恶拳痛棒。史家往往以“只管打坐”一语概括其宗风，而言不及其内心沉痛激愤之深，实为皮相之言。 据永平道元所述，其示云：“参禅者身心脱落也，不用烧香、礼佛、念佛、修忏、看经，只管打坐而已，”则看似将“默照禅”推展为极致，即所谓“发展”，其实为匡救时弊痛下针砭之行也。禅宗发展至此，其僧界惑溺名利，风纪颓败之状亦臻于极致。观如净说法之语，不见乃祖从容绵密、回互亲切之风，而触目尽是愤嫉痛言，如指斥“僧堂里都不管，云水兄弟也都不管，只这与客官相见追寻而已，”又如常就天下僧家长发爪之辈警诫云“不会净发，不是俗人，不是僧家，便是蓄生。古来佛祖，谁是不净发者！如今不会净发，真个是蓄生！”其它如指斥在服装上“近来都着直缀，乃浇风也，你欲慕古风，则须着褊衫……近来参禅僧家，谓着褊衫是律家兄弟服者，乃非也，不知古法人也。”又如在经行步态上强调“僧家寓僧堂，功夫最要直须缓步，近代诸方长老不知人多也，知者极少……你试问诸方长老看，毕竟他未曾知也。”他因而规定自己门下：“今日参内里之僧，必着褊衫，传衣时、受菩萨戒时亦着褊衫。”经行则“肩胸等不可动摇而振也。”以上通见其日本法嗣永平道元在《正法眼藏随闻记》所转述之语。以一代豪迈不羁之龙象，却似乎汲汲于发、爪、着衫、步态等琐细不堪处，其实睹落弃而知秋之沉痛，扶危局于欲倾之悲苦，堪向何处道得？最后，他竟将曹洞传法信物，悉数尽付随参不到三年的异域僧人道元，令其席卷而归海东，此似为色望之举，实乃拯救曹洞之一高着眼。回顾曹洞宗历史，壮士断腕。自行了断，以拯法脉，大阳警玄在前，天童如净殿 后，如是再者，其令人肃然深思。
天童如净目送传法信物尽随道元挂帆远去，回过头来，他是如何看待自己置身其间的五家禅宗的格局的呢？他上堂示众云：“如今个个只管道云门、法眼、沩仰、临济、曹洞等家风有别者，不是佛法，也不是祖师道也。”“近年祖师道废，魔党畜生多频频举五家门风，苦哉！苦哉！”盖对五家儿孙落窠窟、竞势利、使正信佛法沦丧之危局痛入骨髓，故出此独断之语。道元回到日本，用旁观者口吻转述说：
“大宋国120余年，接引学人者，攀临济之四料简，四照有，云门之三句，洞山之三路、五位等，以为学道标准，先师天童和尚，常笑此曰：‘学佛岂如此也？’
数百年来禅宗界惨淡经营之五家格局，竟被一句“学佛岂如此也？”轻轻问住，这便是曹洞宗在宋代操守清严见识高迈的法门龙象——天童如净所下的总结之语，令人不免有悲从中来之慨。在这里，简单地批评天童如净矫枉过王、偏激片面，或指认永平道元有某种贬家禅总格局也好，其成就是绝不容否定的，也无法否定，问题是，面对鲜花着锦、烈火烹油的佛教历史局面，人们都能回味这位高僧的轻轻一句笑语：“学佛岂如此也”么？
在芙蓉道楷门下，曹洞宗中兴的第三梯次则是由净因自五传至万松秀一系所完成。其历时近一百五十年，与丹霞子淳至天童如净一系历时大体相当，但跨越南宋、金和元三代，中间数传法脉较为模糊不清。
净因自觉（？－1117），青州人，俗姓王。少业儒，受知于司马光。宋绍圣（1094－1098）年间，从芙蓉道楷落发，数年从学，得楷印可。崇宁（1102－1106）间，奉诏住京师净因寺。政和元年（！！15）迁鹿门寺（在今湖北襄阳）。政和七年（1117）二月示众而化。灰烬中有舍利如菽，还葬青州，入塔日，有雨华之感应，史家有将天童如净法嗣名鹿门觉者，与净因自觉混为一谈，缘于净因自觉后迁鹿门之故。实则二者相距百年有余。
青州一辨，为净因自觉法嗣。宋宣和（1119－1125）年间，曾聚十方僧众，拈提宗纲，设百问示众，由慈云觉遂一作答。其后，由元代林泉从伦逐一附颂，集成《青州百问）一书，宣示曹洞宗风，流行后世。
青州中以大明僧宝、王山僧体二代，传世雪岩如满禅师。雪岩如满（1136－1206），一作慧满。山西汾阳人，俗姓崔。在太原王山谒僧体禅师而得法，并承师丈席。晚迁大明寺（在今河北磁县），学人四集，盛极一时，有语录传世。
万松行秀（1166－1246），河内之解（今河南洛阳一带）人，俗姓蔡。少年出家于邢州（今河北邢台）净土寺，辗转至磁州大明寺参雪岩如满，总二十七日便领旨，在满门下二年，尽得其底蕴，如满遂付以衣偈，令其嗣法，返回邢州净土寺后，在寺旁构“万松轩”以自适，因有万松之号，次迁中都（今北京）万寿寺，金章宗明昌四年（1193），行秀应诏赴内廷升座说法，帝躬迎礼，闻法感悟，赐锦绮大衣，建普度会，每岁设齐。后奉诏移住大都仰山栖隐寺，再迁报因寺，晚年退居报恩寺从容庵，秀天资英才，于百家之学无不淹通，曾三阅藏经。著述甚丰，有《祖灯录》、《释氏新闻》、《鸣道集》、《辨宗说》《心经凤鸣》、《禅悦法喜集》和《请益录》，并语录等若干卷，而以《从容庵录》最为著名，及门弟子众多，得法者一百二十人，影响最大者林泉从伦、华严至温、雪庭福裕等，以居士身份从学护法的还有耶律楚材等金元两朝官绅。
《从容庵录》是万松行秀在耶律楚材敦请之下，将历年讲解公案和颂古的旧稿整理所在之书，集中体现了他所弘扬的曹洞禅风。耶律楚材为此书作序，该书全称《万松老人评唱天童和尚颂古从容庵录》，诠释正觉的《颂古百则》。其每则集公案与颂古为一。依《碧岩录》体例，每则之下例分示众、列举公案、列举公案、列举颂古、夹注和评唱五种内容。行秀自述其撰此书目的有三：“一则旌天童学海波澜。附会巧便；二则省学人检测讨之功；三则露万松述而不作，非臆断也。”行秀博学广闻，引领学人窥见宏智正觉心要，游刃有余，其兼通内外典功夫亦在“述而不作”之中毕现。
曹洞宗发展至十三世纪上半期，其命运发生了根本性的改观。一方面，由丹霞子淳经清了四传至天童如净一系，几经周折，至如净竟告消歇。前文已分析如净身陷禅界弊端丛生之局，愤世嫉俗，无力回天，终将曹洞传法信物悉付日僧道元，任其跨海东去，道楷中兴之功，遂传东瀛。另一方面，净因自觉至万松行秀一系由南方渐移北地，入金元之庭，不意在如满至行秀一两代之间，不过三四十年光阴，竟然得到自由生发，倾倒朝野，生机勃勃，发扬光大中兴精神，又开辟了曹洞兴盛北地百余年的黄金时代。此中底蕴，实令人深思。从社会文化氛围看，南宋偏安，民族矛盾与社会矛盾交织，虽僧界亦不遑宁处，更兼文化腐朽习气深重，禅虽如净之操守清严亦回天乏力；而净因自觉一系，数代传承之间不知不觉脱离南宋，得遇北地金元政权，少数民族统治者入主北地不久，所染汉人习气不深，文化上多清新刚健之气，少滞着陈腐之习，故能为佛教生存与发展提供广大空间。万松行秀遇如此时节因缘，于心平气和之中从容伸展，其庵号“从容庵”，着《从容录》，力从容道业，此等境遇则为南方曹洞宗人所未敢梦见。
