不一样，市政工程行政主管部门一般是市政公用事业管理局或市政工程管理处。
城市建设主管部门一般是指市住房和城乡建设局、市规划管理局等。
市政工程一般属于政府城建部门来负责。
主要职能：
贯彻执行国家、省有关城市市政工程、园林绿化、市容环境卫生、风景名胜区（以下简称城建行业）方面的方针、政策和法律、法规、规章；拟订有关地方性法规草案和市政府规章并监督实施，制定行业作业标准、管理办法、操作规程并指导监督实施。
建设行政主管部门具体是当地的建设局（住建局）或建设委员会，这3个部门是一个概念，只是称呼不同而已，主管建设行业的行政部门。
主要职责：
1、城乡建设统计、汇总和分析论证;负责对市人民政府交办的建设项目和重要工作的实施情况进行监督检查。
2、城乡建设监督管理的责任，制定和推荐使用建设工程勘察设计合同文本。
3、管理工程建设标准和工程造价，审查和鉴证建设工程勘察设计合同，监督合同履行，调解合同争议，依法查处违法行为。
以上内容参考 百度百科-城市建设管理局
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