核心原理是：由于ddNTP（4种带有荧光标记的A,C,G,T碱基）的2’和3’都不含羟基，其在DNA的合成过程中不能形成磷酸二酯键，因此可以用来中断DNA的合成反应，在4个DNA合成反应体系中分别加入一定比例带有放射性同位素标记的ddNTP（分别为：ddATP,ddCTP,ddGTP和ddTTP），然后利用凝胶电泳和放射自显影后可以根据电泳带的位置确定待测分子的DNA序列。
另一种理解认为 NGS主要是指基于大规模并行测序（massively parallel sequencing，简写MPS）的测序技术。
2.1 扩增子测序：
核糖体rDNA（细菌和古细菌 16S rDNA 或真菌 18S、28S rDNA 和 ITS （Internal Transcribed Spacer，真菌 rDNA 基因非转录区的一部分））的分类和鉴定
获得环境中各个细菌种类的相对丰度和多样性水平，从而了解环境中微生物群落的组成和结构
single marker genes（一般为功能基因，比如固氮还原酶nifH基因和氨基氧化酶amoA基因等）的多样性和分类分析
揭示各个功能菌群的构成和多样性
2.2 宏基因组全测序
Shotgun metagenomics：全部宏基因组DNA的整体测序和分析
profile taxonomic composition
functional potential of microbial communities
to recover whole genome sequences
参考：
https://www.jianshu.com/p/d80e331de68a 2.3 基因组浅层测序 Genome skiming
2.4 目标富集测序
2.5 转录组测序
2.6 简化基因组测序（RAD-Seq）