法律分析：非法营运扣证三个月怎么扣：非法营运是当地交通运输管理部门管理的，只能暂扣你的车辆，你的驾驶证行驶证只能由交警部门扣留。 如果交警部门移交给运管部门，那在事实成立的情况下就只能缴交罚款了。 如果是运管部门查扣的话，没有通报给交警部门，那你就去申报证件遗失，去补办证件就好了。
法律依据：《中华人民共和国道路运输条例》第六十四条 违反本条例的规定，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。