商务局依据其职能，划分为四个主要科室，分别承担不同的职责和任务。
办公室负责处理局机关日常政务，涵盖商务信息统计综合，包括处理区人大代表建议、议案和区政协委员提案。此外，它还负责公文管理、秘书事务、文件起草、信息管理、机要保密、信访档案、保卫、印章管理、对外宣传以及机关财务和固定资产及后勤管理工作。其他重要事项也在其职责范围内。
外贸科主要负责拟订全区对外经济和技术合作的规划，组织协调进出口贸易工作，并进行业务统计。它还指导出口加工区相关工作，确保对外贸易的健康发展。
综合科负责流通服务业的发展战略和行业规划，执行流通体制改革政策，推动现代流通方式如连锁经营和物流配送的发展。他们致力于开拓城乡市场，解决市场建设和运行中的协调问题，以及管理全区牲畜定点屠宰工作。
组宣科负责党委会议的组织和决议执行，负责起草党委文件和文稿，处理组织发展、建设和宣传工作。他们还负责老干部及退伍转业军人的相关事务，并负责党员的日常管理工作。