第一章至第五章：在1866年，海洋中出现了一个巨大的生物，多艘船只莫名其妙地被它撞裂。公众强烈要求将这个海洋怪物清除掉。我，法国巴黎自然史博物馆的教授阿罗纳克斯，认为这个怪物是一种力量巨大的“独角鲸”。美国海军决定消灭这个怪物，并邀请我加入行动。舰长和船员们决心捕获这只独角鲸，尽管只有加拿大捕鲸手内德·兰德对独角鲸的存在表示怀疑。经过三个月的搜寻，船员们开始失去信心，半年后更是要求回国。在最后的三天搜寻中，内德·兰德终于发现了怪物。
第六章至第十章：林肯号试图捕捉独角鲸，但在一番追逐后，独角鲸向林肯号喷射水流，导致林肯号沉没。我被抛入海中，内德·兰德将我救出，我们发现这个怪物并非鱼类，而是一艘潜艇。我们被拖入潜艇并被关押。在经历了一段时间的囚禁后，一个会说法语的人出现，他就是潜艇的船长尼摩。尼摩船长表示，他保持沉默是为了了解我们，他要求我们遵守他的命令，否则我们将面临死亡。尼摩船长解释了他对海洋的热爱，以及潜艇上的生活。
第十一章至第十五章：尼摩船长带我们参观了潜艇鹦鹉螺号，包括藏书丰富的图书馆、用海带制成的雪茄、收集的标本，以及为我们准备的房间和自己的生活区。他还介绍了潜艇的各种设备，如何在海底开采资源，发电和提供空气的方法。尼摩船长还展示了潜艇的小艇，并邀请我去海底森林狩猎。
第十六章至第二十章：我们在克雷斯波岛的海底绝壁遭遇巨型海蜘蛛，成功捕获一只海獭，并躲过了角鲨的攻击。鹦鹉螺号在太平洋下航行，景色令人惊叹。我们目睹了一艘沉船的残骸，了解了18世纪末两艘法国探险船失踪的真相。在穿越地球上最危险的海峡——托雷斯海峡时，潜艇触礁搁浅。尼摩船长同意让我们三人乘小艇前往附近的格波罗阿尔岛。
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