广州南沙开发区南沙管辖区下辖横沥镇和万顷沙镇，它们的历史与经济发展各有特色。
横沥镇创建于1977年，由大岗镇和万顷沙镇合并而成，因河流命名。2005年，南沙区成立，横沥镇划归南沙区管辖，面积54平方公里，人口2.65万，拥有14个村民委员会和1个居民委员会。横沥镇地理位置优越，是交通枢纽，发展了教育强镇、工业立镇等战略，农业和工业都有显著成果，如优质水果种植基地和工业区，2008年的产值和财政收入都有增长。
万顷沙镇位于广州最南端，被誉为“金三角”中心，以农业为主导，有丰富的海涂资源。自清道光年间围垦以来，万顷沙镇经历了多次行政区划变动，如今是南沙区临港工业的重要基地。万顷沙镇在改革开放后，以耕沙斗海的精神推动了工业、农业等全面发展，成为省级中心镇，文化活动如水乡咸水歌等得到弘扬，生态环保建设也取得了显著成就。
两个镇都将在南沙新区的大开发中受益，朝着现代化滨海城镇目标迈进，横沥镇以工业为主导，万顷沙镇则以农业和生态旅游为特色，其独特的文化与自然资源将成为发展的重要支撑。
1993年7月8日，广州南沙经济技术开发区挂牌成立，国家级开发区，宜业宜居滨海新城。