台湾的闽南语和福建闽南语总体上非常相近，都是福建闽南语的分支。厦门的闽南话融合了漳泉两地的口音，和台湾的闽南话一样。因此，台湾闽南语和福建厦门的方言非常接近，两地人交流基本无障碍。不过，在某些物品的称呼和词汇上，两地存在一些细微差异，主要是腔调和音调的不同。台湾的闽南语还融入了一些外来语，由于时代的发展，引进了新事物和新的词汇。例如，台湾闽南语中，寿司里的芥末有时也称为“哇撒米”。
台湾闽南语原本就是福建闽南语的一个分支，随着时间的推移和两岸关系的变化，台湾闽南语融入了新的元素，但追根溯源仍然是闽南话。
台湾闽南话和福建本土的闽南话虽然分离时间不长，但在社会一般认为两者差异不大，能够互相通话。实际上，两者之间仍然存在不少差别。首先，台湾闽南话内部差异较小，而福建闽南话内部差异较大。台湾的闽语区基本上直接来自福建闽南方言区，但这些来自福建不同府县的移民在台湾以县为单位总体上还是杂居的，同乡大规模聚居的情况比较少。因此，台湾闽南话具有福建各种闽南话“融合”的性质。而福建作为闽方言的形成地和大本营，本土的闽南话具有丰富的多样性。
在词汇上，福建闽南方言的外语借词主要来源于清代到民初与海外的关系带来的东南亚语言借词，而台湾这类借词相对较少，具有大量因为日本统治而产生的日语借词。
台湾的许多闽南话还有一个显著特点，即将福建大多数闽南话的ian/iat读成en/et。如“建设”，福建多读kian siat，实际读音近kien siet，但台湾一般读ken set，没有介音i。
然而，和历史上从闽南本土方言分化出的其他闽南方言或闽语次方言对比，台湾闽南话相对于闽南本土的变化非常小，远远未达到独立于闽语闽南片泉漳小片的程度。因此，一些人试图将台湾闽南话称为“台语”，甚至非闽南话或非汉语的举动是幼稚可笑的。
闽南语，厦门闽南语和台湾闽南语腔调音调最为接近，它们都属于漳泉滥，即漳州闽南语和泉州闽南语的混合腔。除了台湾混杂一些日本词汇外，基本上大同小异。
如果以上例子仍然难以理解，可以考虑两岸的闽南语和两岸的国语的差异。台湾那边的闽南话和泉厦漳的闽南话基本相同。例如，“老鼠”的发音在台湾有三种，分别与漳腔、泉州口音相似。
总的来说，台湾的闽南语和福建的闽南语本质上是一样的，都是福建闽南语的分支。台湾闽南语由于历史上的人口迁移，融合了福建闽南不同地区的口音，形成了稍微的区别。
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