在个人所得税中，用人单位通常都是作为职工的扣缴义务人为职工办理个人所得税申报的，也就是职工无须自己亲自办理个人所得税申报。一、公司怎么申报个人所得税步骤如下：1、在电子税务局中，通过“代扣代缴个人所得税”—“个税明细信息上传下载”—“个税明细下载”，下载初始化文件并导入个税客户端。2、在个税客户端进行个税申报并生成申报文件。3、可以通过“代扣代缴个人所得税”—“个税明细信息上传下载”—“个税明细上传”，上传申报文件，进行申报。4、申报成功后，在“个税明细下载”中下载反馈文件并导入个税客户端以完成申报业务。二、公司扣缴义务人的分类依法履行扣缴税款申报的义务。接受税务机关依法进行的检查。扣缴义务人应当接受税务机关依法对其代扣代缴、代收代缴税款账簿、记账凭证和有关资料，以及与代扣代缴、代收代缴税款有关的文件、证明材料和有关资料的检查，如实回答与代扣代缴、代收代缴税款有关的问题和情况。税务机关经县以上税务局（分局）局长批准，可查询扣缴义务人在银行或者其他金融机构的存款账户。对扣缴义务人未按规定履行义务的处理对扣缴义务人不缴或少缴应解缴税款的，采取强制执行措施并处罚款。扣缴义务人在规定的期限内不缴或少缴应解缴的税款，由税务机关责令扣缴义务人限期缴纳；逾期仍未缴纳的，经县以上税务局（分局）局长批准，税务机关可以采取强制执行措施追缴其不缴或者少缴的税款，可以处不缴或少缴的税款50%以上5倍以下的罚款。对扣缴义务人应扣未扣、应收未收税款行为予以处罚。扣缴义务人应当按期如实扣缴税款，但由于各种原因，应扣未扣、应收未收税款的现象还屡屡发生，过去发生此种情况，扣缴义务人只要补缴应扣、应收税款即可，纳税人不承担任何责任。新《税收征管法》在这方面作了修改，规定税务机关在向纳税人追缴税款的同时，可对扣缴义务人处50%以上3倍以下的罚款，从而分清了纳税人和扣缴义务人的责任，加强了对扣缴义务人的监督管理。对扣缴义务人不配合税务机关检查的予以处罚。扣缴义务人逃避、拒绝或者以其他方式阻挠税务机关依法进行检查的，税务机关可对其处以1万元以下的罚款；情节严重的，如长时间不配合，多次不接受检查等，处1万元以上5万元以下的罚款。不配合税务机关检查的行为包括：扣缴义务人借口会计不在逃避税务机关检查；借口账簿放在居住地、非生产经营地，不让税务人员进入；需要企业财务人员、主要负责人、财务负责人等到场而不到场的；对税务机关依法调账检查予以拒绝的；提供虚假资料，不如实反映情况或者拒绝提供有关各种资料；拒绝或阻止税务机关记录、录音、录像、照相和复印与案件有关的情况和资料的；在检查期间，转移、隐匿、销毁有关资料的，等等。三、公司扣缴义务人涉及的种类中国税法中涉及的代扣代缴义务人主要有：1、个人所得税中，个人所得税以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。2、外商投资企业和外国企业所得税中，外国企业在中国境内未设立机构、场所，而有取得的来源于中国境内的利润、利息、租金、特许权使用费和其他所得，或者虽设立机构、场所，但上述所得与其机构、场所没有实际联系的，都应当缴纳20%的所得税。缴纳的所得税，以实际受益人为纳税义务人，以支付人为扣缴义务人。税款由支付人在每次支付的款额中扣缴。对外国企业在中国境内从事建筑、安装、装配、勘探等工程作业和提供咨询、管理、培训等劳务活动的所得，税务机关可以指定工程价款或者劳务费的支付人为所得税的扣缴义务人。3、增值税中，境外的单位或个人在境内销售应税劳务而在境内未设有经营机构的，其应纳税款以代理人为扣缴义务人；没有代理人的，以购买者为扣缴义务人。4.、城市维护建设税中，增值税、消费税、的代扣代缴、代收代缴义务人同时也是城市维护建设税的代扣代缴、代收代缴义务人。中国税法中涉及的代收代缴义务人主要有：（1）资源税中，收购未税矿产品的单位为资源税的扣缴义务人。（2）城市房地产税中，产权所有人、承典人不在当地或产权未确定及租典纠纷未解决者，均由代管人或使用人代为报缴。（3）印花税中，运费结算付方应缴纳的印花税，应由运费结算收方或其代理方实行代扣汇总缴纳。运费结算凭证由交通运输管理机关或其指定的单位填开或审核的，当地税务机关应委托凭证填开或审核单位，对运费结算双方应缴纳的印花税，实行代扣汇总缴纳。股份制试点企业向社会公开发行的股票，因购买、继承、赠与所书立的股权转让书据，办理股权交割手续的单位负有监督纳税人依法纳税的责任，并代征代缴印花税税款。凡是在上海、深圳证券登记公司集中托管的股票，在办理法人协议转让和个人继承、赠与等非交易转让时，其证券交易印花税统一由上海、深圳证券登记公司代扣代缴。(4)消费税中，委托加工的应税消费品，由受托方在向委托方交货时代收代缴税款。根据法律规定可以得知，公司非纯粹意义上的纳税人，又非实际负担税款的负税人，应当为职工扣缴个人所得税，在税务局进行申报即可。
《中华人民共和国个人所得税法》
第十一条
居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；
有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；
需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由国务院税务主管部门制定。居民个人向扣缴义务人提供专项附加扣除信息的，扣缴义务人按月预扣预缴税款时应当按照规定予以扣除，不得拒绝。非居民个人取得工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得和特许权使用费所得，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款，不办理汇算清缴。
《中华人民共和国个人所得税法》
第十一条
居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；
有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；
需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由国务院税务主管部门制定。居民个人向扣缴义务人提供专项附加扣除信息的，扣缴义务人按月预扣预缴税款时应当按照规定予以扣除，不得拒绝。非居民个人取得工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得和特许权使用费所得，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款，不办理汇算清缴。