简单来说原理是核苷类抗病毒药物可以通过选择性的抑制病毒的聚合酶来阻止病毒的复制，进而发挥抗病毒的作用。
核苷（酸）类似物是最大的一类抗病毒药物，也是最重要的抗病毒药物。治疗疱疹（HSV）的阿昔洛韦（Acyclovir），第一种治疗艾滋病（HIV）的药物齐多夫定（Zidovudine），治疗乙肝（HBV）的恩替卡韦（Entecavir）以及Gilead的明星丙肝药（HCV），史上最贵的药片索菲布韦（Sofosbuvir）都属于这一类药物。
核苷（酸）类似物针对的是病毒的聚合酶（Polymerase）。RNA病毒复制所需的RNA复制过程和逆转录病毒复制所需的逆转录过程在人体细胞中不会发生。因此病毒如果要复制，必须用自己的聚合酶，如RNA病毒的RNA复制酶（RdRp）和逆转录病毒的逆转录酶（RT）。而核苷（酸）类似物通过选择性的抑制病毒的聚合酶来阻止病毒的复制。
在讲解核苷（酸）类似物的原理之前先介绍什么是核苷酸（Nucleotide）。核苷酸是核酸，也就是DNA和RNA的基本组成单位，它由磷酸，五碳糖，碱基构成。如下图所示，这是一个腺嘌呤脱氧核苷酸的结构。
其中，只含五碳糖和碱基的部分叫核苷（Nucleoside）。核苷类似物（Nucleoside Analogue）和核苷酸类似物（Nucleotide Analogue）的区别后面会讲到。
核苷（酸）类似物就是一种结构修饰过的核苷（酸），这种修饰通常对五碳糖进行。比如齐多夫定就是胸腺嘧啶脱氧核苷的修饰，拉米夫定（Lamivudine）就是胞嘧啶脱氧核苷的修饰。下图是它们和对应的核苷的对比图，可以看出它们的结构其实是非常相似的，只是做了一点小小的修改。然而不要小看这小小的修改，背后可能是数十人的努力和数亿美元的研发成本。
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