济南市长清区交通运输局为了更好地履行职责，设有以下三个关键科室，确保日常运营的高效进行。
办公室 负责统筹全局的工作，制定年度计划，包括机关的行政事务、文书档案、信息传播、新闻宣传、保密、政府信息公开以及后勤保障。此外，他们还负责交通应急备战，处理人大代表建议和政协委员提案，管理机构人事和编制，以及老干部服务工作，致力于交通运输行业人才的培养和管理。
财务审计科 主要承担交通系统的年度财务规划，管理专项资金、预决算和政府采购，对下属单位的财务和国有资产进行指导，并参与行业投融资相关工作，确保财务规范和资产安全。
科技科（同时挂有安全监督科牌子） 负责制定并监督实施交通运输行业的科技政策，推动行业科技进步，组织科研项目研究，负责质量标准和节能减排工作。他们还负责信息化建设、教育培训、驾驶员培训许可、公路和运输企业的安全生产监管，以及水上安全监督和事故调查处理，同时进行综合治理、安全管理和法制宣传，监督执法行为，并处理行政诉讼相关事宜。