第一部
第1集
京城的街道上，“还珠格格”一行人，正热热闹闹的出巡，而街头的一角，紫薇和金琐则无法置信的望着这一幕，心想着：难不成小燕子真的背叛了紫薇吗？
时光追溯到数月前，举目无亲的夏紫薇，带着婢女金琐，以及母亲所留给她的信物，打算到北京城来与父相认，而她的父亲，也正是当今大清朝的皇帝乾隆。
在相认的途中，紫薇巧遇了刚大闹完梁大人官邸的女贼小燕子，并且还帮了小燕子的忙，躲避了官兵的追踪，使得两人均对彼此留下了深刻的印象即分别。
不久后，紫薇再度在路上遇见了正在卖艺骗钱的小燕子，此时，一名歹徒欲强抢紫薇的包袱，这会是由小燕子出手救了紫薇，就这样，两名小姑娘结成了好友，这个故事也就此展开了。
第2集
紫薇和小燕子相识没多久，便结成了好友，两人个性截然不同，小燕子爽朗开放，紫薇温雅娴静，却能彼此相容契合，为周遭带来欢笑。小燕子见紫薇一名女子独自带着金琐在外寻亲，无人照料，便提议紫薇搬进大杂院中与自己同住，两人友情发展迅速，过没多久，在众人的见证下，两人结拜成了姊妹。
紫薇信任小燕子，因而决定将此次进京的理由告知小燕子，也就是和乾隆相认。小燕子听后大惊，但随即便拍胸脯表示，定会义不容辞的帮助紫薇，好使紫薇能够顺利认父成功。
小燕子千万百计地打听到了乾隆狩猎的消息，便带着紫薇翻山欲直接将信物交给乾隆，但因紫薇身体不适，小燕子遂自告奋勇，带着紫薇的信物，独自去见乾隆。
狩猎场内，永琪和尔康、尔泰正在比试狩猎，不料，永琪的箭竟直接地误射入小燕子的身上。
第3集
小燕子误被永琪射伤，令众人大惊，而乾隆见了小燕子身上所背之摺扇及烟雨图，则更是震慑，不但没将私闯围场的小燕子问罪，反倒将她带回了宫中，并要太医们给予其她最悉心的照料。
话说烟雨图及摺扇，此乃乾隆当年微服出巡时，和一名女子夏雨荷相恋时所留下之信物，如今时光已匆匆过了十九年，而小燕子看来也不过十八、九岁，再加上小燕子在昏迷时所隐约吐露出的找皇上之类的言语，更加使得乾隆坚信小燕子就是他的亲生骨肉。
而小燕子在清醒后，竟被乾隆的细心照顾及皇宫内的富丽堂皇所迷惑了，糊里糊涂地，便认了乾隆这个爹。紫薇四处寻找小燕子不成，深怕小燕子被当成刺客而被乾隆问斩，因而深深自责不已。不料，金琐却提出了不同的意见，认为紫薇如今遗失了其视之比生命还重要的摺扇和卷轴，又该如何呢？
小燕子身体终于逐渐康复，在令妃的陪同下，小燕子认识了永琪和尔泰，小燕子大刺刺的性格，使得她立刻就和两个年青人结成了好友。
第4集
善妒的皇后对于乾隆长期以来的风流韵事早有不满，此回乾隆居然平白无故冒出了个来自民间的女儿，又被令妃所照料着，更是使她心有芥蒂，强烈排斥着小燕子。但乾隆的整颗心早己沈溺在当年和夏雨荷间山盟海誓的往事中，因此即使小燕子在对质的过程中有许多叙述不清的地方，乾隆仍旧认定了小燕子就是他失散多年的女儿。再加上由小燕子口中得知夏雨荷已过世的消息，更令他想藉着这个时机，好好的补偿小燕子多年来所欠缺父爱。
在大臣纪晓岚的建议下，小燕子以义女的名义，被乾隆封为“还珠格格”，并准备在祭天大典时，召告天下世人。紫薇于祭天大典时发觉小燕子竟成了格格，这使她惊讶不已，直觉认定小燕子背叛了自己，因而在街上情绪失控的大吼，却换来了官兵们的一阵毒打。
尔康发觉事有蹊跷，将紫薇带回家中疗养，加上紫薇对于夏雨荷之事的详尽叙述，使得众人对於小燕子的身份，开始起了怀疑。
第9集
乾隆和令妃突然至漱芳斋欲探小燕子，不料却发现了小燕子私溜出宫之事，令乾隆为之气结。而此时小燕子和永琪却全然不知已大难临头，正打算回到漱芳斋后，还要畅饮至天明。而两人乍见乾隆的出现，也心急的不知如何是好，永琪决定实话实说，表示小燕子除去了福家外，什麽地方也没去。乾隆顾虑到夜已深，又见两人频频求情，遂决定次日再行审问两人。
次日，永琪、尔康、尔泰三人急忙地商量对策时，小燕子居然又装扮成了小太监来到了永琪房中，急欲得知三人的对策。不料，此时皇后和容嬷嬷来探，发现了小燕子，又将事情闹到了乾隆跟前。
乾隆本欲再次重罚小燕子，但在小燕子的求情，以及乍闻小燕子以往为了生活所吃的苦头后，竟又生了恻隐之心，原谅了小燕子，也更让皇后为之气结。福伦及福晋担心尔康对紫薇用心过深，打算和尔康商量此事，却得知了尔康非得明媒正娶紫薇的决心。
第10集
尔康和福伦表明了非紫薇不娶的决心，令福家二老烦心不已，毕竟紫薇身份特殊，未来如何实在无法猜测。福晋因而出面言辞恳切地向紫薇晓以大义，紫薇是个明理之人，当下便决定离开福家，以免福家二老难堪。
尔康得知紫薇离去后忧心不已，在四处找寻未果后，终于由千辛万苦才出宫的小燕子出面，说动了柳青和柳红，才透露出紫薇的住处。
在几番波折下，尔康终於找到了紫薇，两人相见恍如隔世，在尔康表明了愿抛弃一切的真心相告下，紫薇再无法掩饰自己的情感，接受了尔康的情意，而尔康的心里，也有了个想法隐然成形。
尔康提出将紫薇送入宫中的想法，令众人大感惊愕不已，但尔康却认为，惟有让乾隆真正认识紫薇，并真心喜爱紫薇，小燕子和紫薇才有一同活命的可能，而自己和紫薇之间，也才能谈到未来。
第11集
尔康的建议虽引起了众人的争议，但在无计可施下，似乎也惟有如此，才是个两全其美的办法。於是众人在商量后，决定紫薇将和金琐假扮成宫女送入宫中，除了能让紫薇设法接近乾隆外，也好对毫无心机的小燕子有个照应，免得小燕子一再的吃皮肉之苦。
透过令妃的帮忙，紫薇和金琐终於入宫，并於当日便见到了紫薇心心念念的生父乾隆，虽然乾隆对紫薇并未多加注意，但能和乾隆说上句话，便已令紫薇深深悸动不已。
小燕子带着紫薇和金琐得意忘形的在宫中穿梭，却被容嬷嬷发觉，容嬷嬷直觉此二丫头的来路有异，便急忙秉告皇后。是夜，当小燕子带着漱芳斋内一群人在房内不分大小、吃吃喝喝之际，果然便有皇后的探子来探。而隔日，当永琪、尔康、尔泰一行人来访时，皇后也带着容嬷嬷，来到了漱芳斋。
第12集
皇后此番来到漱芳斋内，乃出自於对紫薇及金琐的好奇，顺便也给了小燕子一个下马威，趁着逮到紫薇的语病，便狠狠地打了紫薇一耳光。此耳光打得让小燕子气愤、尔康心疼、众人不忍，一场和皇后间的对立再度展开，幸得紫薇的自行调停才告停歇。
众人担心皇后又会到乾隆面前告状，于是决定先发制人，让小燕子在漱芳斋内大闹上吊的伎俩，准备让乾隆忧心后，再伺机替紫薇讨回这个公道。不料乾隆精明过人，一眼识破众人的诡计，虽没深究众人对皇后的不敬，却也罚了小燕子抄写“礼运大同篇”一百遍，并得解释出其涵意。小燕子虽叫苦连天，但在众人的帮助下，终于在乾隆面前过关。而小燕子口口声声的紫薇长、紫薇短的，也终於引起了乾隆对紫薇的好奇。
皇后又来到了乾隆跟前，打算对日前发生在漱芳斋之事大做文章，并要乾隆注意皇宫内对小燕子和永琪、尔泰间的闲言闲语。不料，乾隆竟丝毫不以为意，使得皇后对於小燕子和紫薇之间，更加地怀疑。
第13集
乾隆听了皇后所说之事后，表面上虽不以为意，心中却不免有些怀疑，遂决定亲自至漱芳斋一探究竟。乾隆原以为会在漱芳斋内看见荒唐无礼教的一幕，不料漱芳斋内的情景却祥和地令人羡慕。紫薇正在弹琴唱歌，小燕子则在一旁陪着她，待乾隆加入她们后，更加对紫薇琴棋诗画样样精通的才情折服不已。
在言谈中，紫薇不禁意地谈到了自己的父母，乾隆虽不知紫薇便是自己的亲生骨肉，但在举手投足间所流露出的关爱，却已让紫薇感动万分。就这样，乾隆在漱芳斋内渡过一夜，直至天明，也让小燕子等人对于真相大白的一日，渐渐有了希望。
乾隆对于小燕子愈是宠爱，皇后对于小燕子和紫薇的来历便更加地猜忌，于是派了容嬷嬷时时监视着两人的举动。
终于小燕子忍无可忍，仗着有永琪撑腰，当着众人的面，狠狠地教训了容嬷嬷一顿。小燕子冲动的行为，不但使得小燕子和皇后间的关系更形恶化，也为紫薇在宫中的生活，种下了一层深深的隐忧。
第14集
乾隆有了带着永琪、尔康、尔泰“微服出巡”的想法，小燕子得知后便直嚷着也要去。就在这同时，皇后居然派了几个小太监，趁着小燕子不在，不顾漱芳斋内众人的阻挡，将紫薇强押至坤宁宫。
皇后对于紫薇的来历早有怀疑，认为小燕子和紫薇之间必有阴谋，加上容嬷嬷早对紫薇怀恨在心，居然私下便对紫薇刑求，紫薇虽被折磨的不成人形，却依旧没对皇后透露小燕子的真实身份。
小燕子得知紫薇被皇后带走之事大惊，连忙和永琪等人至坤宁宫找皇后要人，不料皇后却推说早已让紫薇回去了。众人无奈之下，竟决议由永琪、尔康、尔泰三人夜探坤宁宫，好得知事实真相。
是夜，尔康等人果然在坤宁宫中发现了伤痕累累的紫薇，尔康心疼，但仍接受众人的建议，隔日再救紫薇。小燕子一早便至寝宫向乾隆求情，乾隆对于皇后此举大惊，连忙至坤宁宫质问皇后。皇后本不愿意认帐，但永琪等人以亲眼在此见到遍体鳞伤的紫薇为由，终于说服乾隆，救出了紫薇，也狠狠地给了容嬷嬷一番教训。
第15集
紫薇在皇后的严刑拷打下遍体鳞伤，幸得乾隆前来援救，一条小命终给保住，乾隆也亲眼见识到了后宫的黑暗与残酷，盛怒的他严惩容嬷嬷并且下令尔康派高手保护漱芳斋，并与皇后言明自己对小燕子与紫薇的喜爱，希望皇后能够退让一步。
小燕子为了保护自己与漱芳斋中的每一个人，因此要求大家一齐和她学武，紫薇在乾隆的关怀与呵护下越发陷入难以割舍的『父女亲情』中，而一旁的尔康则是担心乾隆对紫薇的心意暧昧不明，一心想将紫薇带离皇宫。
乾隆打算带紫薇与小燕子微服出巡，突然间，乾隆问小燕子是否愿意婚配给尔康，现场众人均感到惊恐，此时，永琪才知尔泰也喜欢小燕子，两人为了手足情相互退让，但因为尔泰心知小燕子喜欢永琪，因此言明退让，三人打算在此次微服出巡时，为紫薇与小燕子争取特赦令，并且想办法找个适当时机，说出真相，不过尔康心中仍为乾隆对紫薇的态度惶惶不安，因此他着急地想说出真相┅┅
第16集
永琪、尔康、尔泰，一方面担心乾隆将紫薇纳入后宫，一方面也担心小燕子欺君的事实将惹来杀身之祸，一行人在出巡的路上便极力设法让小燕子、紫薇讨乾隆开心，希望能获得乾隆承诺于两人『特赦令』再将紫薇才是真正的还珠格格一事说出，让两人各归其位。
然而，小燕子却三翻两次，成事不足地破坏了众人讨好乾隆的计画，幸得紫薇机智的反应，才让情事转危为安。众人因祸得福地，及让小燕子要宝逗乾隆开心，也让紫薇的聪慧得以发挥，使乾隆对他夸目相看。
话说一行人走到一个城镇，城里一个大户人家正举行抛绣球招亲，热闹异常，众人好奇趋前观看，顽皮的小燕子，眼看招亲的姑娘貌美，又看到有如此多人要抢的那个绣球，一时技痒，便纵身一跃，抓到绣球，往永琪抛去。永琪一惊，又将绣球又拨还给小燕子，两人你来我往之时，一个偏了，只见绣球直往人群旁的一个乞讨少年飘去┅
第17集
路旁的一个乞讨少年莫名地接到小燕子多事抢下的绣球，却马上就被举行招亲的人家拒绝，收回绣球，小燕子为之气结。乾隆见该乞讨少年说话不俗，详问之下，才知原是一位落魄文人，便出面让该户人家接受这名少年，完结此事。
然而，小燕子胡闹地将绣球抛给永琪一事，却让永琪气愤不已，永琪暗恋小燕子已久，近来更为解决他欺君之事操心劳神，眼见他如此不解风情，只得焦急地向他表明爱意。
平时大而化之的小燕子，经永琪真诚的告白，也隐隐约约尝到爱情的酸甜滋味，但想到现在他和永琪的兄妹身份，众人只有静待时机，向乾隆揭露真相。
一行走来，乾隆被小燕子、紫薇一武一文，一动一静的表现，逗得好不开心，对两人更是加倍的宠爱。
一日，更因为替两人遮雨，而让自己受风寒。小燕子、紫薇悉心照顾乾隆，紫薇尤其细心服伺在侧。纪晓岚见状，不禁向众人透露，如此优秀的紫薇，应该不久就会被乾隆纳入后宫┅┅
第18集
永琪、尔康无意间撞见睡醒的乾隆正握着紫薇的手，两人大惊，急退出房，心中更是害怕乾隆会对紫薇产生男女之情。
尔康心急地就要冲进房，向乾隆说出真相，幸亏永琪制止，后来紫薇也告诉尔康自己已成功地唤起乾隆对她母亲雨荷和他之间的印象，相信不久以后，就可以对乾隆表明自己的身份，尔康才稍稍平复心中躁动的情绪。
一行人走到一个小镇，见到路旁一位表明要卖身葬父的女子采莲，正受到地方恶霸的欺负。好打抱不平的小燕子，自然又是毫不思索地挺身而出，打跑了这帮人。
永琪见采莲孤苦无依，便给采莲一些银两，要她自行到北京寻亲，没想到采莲反而一路跟着永琪一行人。永琪见状不忍，只有暂时收留采莲，小燕子因而醋劲大发。
无奈小燕子因为平时粗声粗气惯了，怎麽也拉不下脸向永琪说明自己的心情，反而对永琪出言讽刺。自小倍受尊宠的永琪，忍不住小燕子的顶撞，冲动的回嘴，两个年青人自此开始冷战。小燕子心痛至极，竟忍不住落下泪来，永琪大惊，后悔不已。而正当永琪正准备向小燕子道歉时，小燕子己翻身上马身，飞奔而出。
第19集
小燕子为采莲之事与永琪大闹别扭，并在骑着马与永琪争吵时不慎落马，让永琪好生心疼不已，向小燕子表明了自己的心迹。小燕子也按捺不住心思，终於破涕为笑，与永琪误会冰释、言归於好，此风波终告平息。
一行人行经江边，巧遇一群乡绅父老正在吟诗作对，乾隆命紫薇加入作诗，而紫薇也不负众望地达成使命，不禁获得乾隆的深心喜爱，也使她的地位逐渐变的巧妙。
一日，一行人分别在人群拥挤的市集中看热闹，紫薇与乾隆遇见一对卖茶叶蛋的老夫妻，突然他们抽出预藏的短刀，往乾隆身上刺去，一时间风云变色，市集中的民众均摇身成了刺客，频频攻击乾隆，紫薇见情况紧急，竟奋不顾身地替乾隆挨了一刀。
但紫薇的孱弱之躯那堪如此的摧残，她立即昏死了过去。乾隆见状大惊，尔康更是心急如焚，急忙抓着胡太医为紫薇进行诊治。
紫薇终於在有惊无险下渡过了此次难关，但尔康见到了此番乾隆对紫薇的细心呵护，以及眼中隐隐流露出的关爱眼神，让尔康惊觉此事不可再拖延，因而下定了决心，待紫薇的身子骨一痊愈，他便要带着紫薇，远离这个是非之地。
第20集
紫薇的伤势在众人的耐心照顾下逐渐痊愈，小燕子见紫薇伤势已有起色，便掩不住淘气的本性，和孩子们玩起了毽子，甚至还有些得意忘形的以轻功飞上屋顶，准备为孩子们捡毽子。永琪担心小燕子的安危，一直默默在旁蓄势待发。果然，小燕子被乾隆的怒斥声吓着，一时乱了脚步，幸有永琪及时飞身而起，将小燕子接入怀中。乾隆见了此景，惊觉永琪与小燕子间的不对劲，心中也开始有一个念头逐渐成形。
西藏土司准备来京城叁见乾隆，一行人终於匆匆忙忙回京。一回到漱芳斋，小燕子便迫不及待地将这段日子的经历说给金琐等人听，听得大夥一愣一愣的。
而当晚乾隆也下旨赏了许多酒菜给小燕子和紫薇，明令当晚漱芳斋内没有阶级之分，小燕子等人就在无限的惊喜下，狂欢至夜深。
西藏土司和公主塞娅终於抵达京城了，一路上吹吹打打的好不热闹，小燕子也捺不住个性，躲在宫里的一角偷看，却被乾隆发现，而被唤了出来。
第二部
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