宋代,厦 门作为泉州大港的外围辅助港,岛上设五通、东渡两处官渡。
元时设立“嘉禾千户所”,军港地位初步建立。
明时,厦 门港和漳州月港成了海上走私贸易的主要口岸,海上交通初具规模,已有10条通洋航线。
在明隆庆五年至万历八年(1571~1580年)的10年间,由厦 门港和月港开往菲律宾的中国商船每年有30~40艘,每年进出口价值150万金元左右。
清顺治七年至十八年(1650~1661年),厦 门港是郑成功海路“五商”(以仁、义、礼、智、信五字为5家商行之代号)通台湾、日 本、吕宋及南洋各地的中心。
清康熙二十二年(1683年)台湾统一后,厦 门设“台厦兵备道”。
康熙二十三年(1684年)闽海关设立,厦 门为其正口,成为“凡海船越省及往外洋贸易者,出入官司征税”之地。雍正五年(1727年),清王朝规定所有福建出洋之船,均须由厦 门港出入,厦门港为福建省出洋总口。
嘉庆元年(1796年),成为“通九译之番邦”,“远近贸易之都会”,与厦 门往来的东西洋国家和地区达30多个。
道光二十二年(1842年)“南京条约”签订后,厦 门辟为5个通商口岸之一。
光绪六年(1880年),英商太古公司在岛美路头北侧建造太古趸船码头,码头前沿设有栈房式趸船1艘,靠泊能力500吨;后方陆域建有太古栈房6间,总仓容1066.3万斤,成为近代较为先进的综合性码头。海后滩筑堤工程,填平拆毁古老渡头和“路头”,重新建造了大小码头28座。
1~8号码头于民国17年(1928年)5月竣工,民国20年又竣工3座,其余民国21年完工。新建码头为石砌或混凝土结构,分为斜坡或梯式两类,都需要乘潮作业。其中最大靠泊能力为水仙码头500吨级,其余均为100~200吨级之间,最小的仅10~20吨。
民国24年,由荷兰治港公司承建的太古码头全部竣工,码头设有2艘趸船,各长64米,宽9米,引桥2座各长21米,宽4.8米,可同时停靠2艘3000吨级的货轮。新建的太古码头岸线长1865米,前沿水深为-7米,建有2层仓库1座,共7464平方米,可供件杂货装卸。
30年代中期是厦 门港的最盛时期。民国25年,进出船达千余艘次。
民国27年,厦 门沦陷,港口为日本军商控制。
民国36年,港 口航运贸易开始复苏,港口货物吞吐量仅为2.69万吨。
中华人民共和国成立后,由于海峡两岸军事对峙的紧张局势,在近20年的时间里,进出厦 门港的船舶都要利用夜间靠近大陆绕道航行;加上管理体制不断变更,以航代港的管理局面,使港口的生产和建设发展缓慢。中国共产党十一届三中全会后,随着改革开放政策的深入和厦门经济特区建设的迅速发展,厦门港的航线不断扩大,客货运量大幅度增长。
1984年,东渡新港一期工程2个5万吨级和2个万吨级泊位正式投产。1988年,东渡港二期工程4个万吨泊位动工兴建。厦 门港的建设已有相当规模,1990年,已有大小泊位100多个,其中港务局生产用码头40个,总靠泊位能力为144950吨,泊位总延长2217.30米;浮筒10个,其中万吨级浮筒5个;现有仓库39915平方米,堆场265012平方米,各种装卸机械300多台(套);港务船舶27艘,4872.48总吨位。1990年,厦 门港货物吞吐量达530万吨,并发展了集装箱运输和大宗散装货物运输。集装箱吞吐量已达4.5万标准箱。货运业务通往境外51个国家和地区的139个港口;客运业务除沿海内河外,还直通香港、新加坡、日本和我国的上海、广州、温州等港,年旅客进出量达200多万人次。
在2006年之前,厦门港拥有5个港区,分别是东渡、海沧、嵩屿、刘五店、客运港区。
2006年01月01日,厦门湾内港口体制一体化整合,由新组建的厦门港口管理局统一管理厦门湾内的东渡、海沧、嵩屿、刘五店、客运、招银、后石、石码8大港区。
2010年08月31日,漳州的古雷港区、东山港区、云霄港区、诏安港区并入厦门港。