骚乱就像其他的搜捕行动一样开始。7个便衣警察和一个身穿制服的警察进入酒吧，声明要调查酒精饮料许可。他们清空酒吧，而客人们就留在外面的人行道和街道上。
酒吧外面的人开始向警方投掷硬币，开始取笑那个使搜捕变成从酒吧所有者那里敲诈金钱的制度。当时纽约的同性恋酒吧体制是相当腐败的，很多同性恋酒吧由黑手党拥有，并通过一种称为“gayola”的贿赂运作，向警方支付金钱以保护他们自己。 石墙暴动发生得相当突然，事件当晚是朱迪·嘉兰的葬礼，正当大家情绪高昂之际，一些聚集在石墙的跨性别者和女同性恋者，终于再也忍受不了警察持续了好几个礼拜对格林威治村的临检，对警察大打出手。情况急剧恶化，警察开始用警棍殴打拒绝逮捕的人，很多人被打伤，一个十几岁的少年被警方在车门上碾断两根手指，警方也殴打了一名异性恋乡村音乐歌手戴维·范·洛克，一些男同性恋者都被抓出来挨个殴打。
大家聚集起来，开始向警方抛掷石块和酒瓶，在巨大的石头雨和玻璃酒瓶的猛烈攻击下，警方被迫退入酒吧内部。一些同性恋者开始试图点燃喷向门里面的可燃液体，他们把一个停车计时器当作攻城器来用。随即其他得到音讯的同性恋者赶来增援，人群开始扩大。他们开始唱着“同性恋的力量”的歌曲。 警方开始增派增援力量，一个本来是处理反越战示威的受训的“战术巡逻队”（Tactical Patrol Force）。但是他们没能成功分散人群，人群继续向他们投掷石块。他们大声歌唱：
We are the Stonewall girls
We wear our hair in curls
We wear no underwear
We show our pubic hair
We wear our dungarees
Above our nelly knees! 场面最终平息下来，但是人群在第二天晚上又聚集起来。有之前几十年堆积起来的警方对待同性恋者的行为在人群中爆发了。他们向人们派发传单，写着“让黑手党和警察滚出同性恋酒吧！”（Get the Mafia and cops out of gay bars!）。示威持续了5个夜晚。
