这是因为Y染色体功能单一，主要作为启动雄性发育的开关存在着，而X染色体则功能众多，不仅仅参与雌性发育，同时它也参与雄性发育，并对雌雄两性的生存提供不可或缺的其它众多基因。
所以严格说，只有Y染色体才是真正的性别决定染色体，而X染色体是属于生存所必须的染色体，而雌性则是哺乳动物和一些昆虫的默认性别（这一点和鸟类截然不同，鸟类中zz是雄性，zw是雌性）。
哺乳动物的雄性需要搞一些特别的手段，进行特别的化妆术，将胚胎发育默认的雌性发育转变成雄性。因此，从生物学角度看，男性就是戴上雄性激素面具的女人，其实男性胸前的乳头和暗藏的乳腺就证明了这一点。
X染色体相对于Y染色体是庞然大物。X染色体上拥有上千个基因，而Y染色体上只拥有数十个基因。没有X染色体动物必死无疑，但没有Y染色体则无甚大碍，只要你有两条X，那你就一切正常。而对于Y染色体而言，SRY基因是最重要的基因。
X染色体上的基因突变与60多种常见遗传病有关，这些遗传病在男性中到发病率远高于女性，原因无它，因为男性只有一条X染色体。而女性有两条X染色体，所以只要有一个版本的基因是正常的，女性通常就不会发病，或者即使发病，症状也会轻微许多。
Y染色体的主要功能就是启动雄性发育的开关，是的 ，仅仅是开关，大多数有功能的基因并不在Y染色体上。
Y染色体上最重要的基因是SRY基因，因为就是它去启动睾丸的发育。然后睾丸释放雄性激素到血液中去，改变了胚胎预置的发育途径。
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