如何化害为利和治理劣质地下水是人类面临的重要课题。通过长期的生产实践和科学技术研究，国内外已经在劣质地下水的利用和控制方面取得了一定的进展。
对于高矿化度劣质地下水，存在着资源化利用的潜力。首先，矿化度很高的盐卤水是一种能够产生经济效益的矿产资源。盐卤水中的NaCl和KCl可以提炼出来作为工业盐甚至是食盐。另外，卤水中往往还含有较高浓度的溴、锶等元素，具有很高的工业价值。其次，微咸水也可以在农业灌溉中进行合理的利用，研究表明小麦、棉花等农作物有一定的耐盐度，使用略大于1g/L的微咸水进行灌溉不会明显降低产量。河北省从20世纪90年代开始，将浅层咸水、微咸水与开采的深层淡水混合进行农田灌溉，取得了很好的效果。但是，微咸水灌溉也应当进行科学的调控，以免造成土壤盐分的大面积有害积累。
为了防止天然成因的劣质地下水造成地方病流行，加强饮水安全是重要的措施。生活用水的水源地应选择水质良好的含水层进行开采，然后运送到存在浅层劣质地下水的居民区，帮助人们摆脱本地劣质水的危害。目前，城市地区的供水安全有较大的保障，农村偏远地区饮水安全问题还面临很多困难，正在逐步解决。某些地区饮用水中缺碘的问题，已经通过含碘盐的推广而解决。利用先进的水质处理工艺对天然成因的劣质地下水进行集中处理，也可以提供安全的饮用水。河北省沧州市积极发展咸水淡化工程，采用电渗析或反渗透膜技术对开采的浅层地下水进行除盐、除氟，解决了几十万人的饮水困难问题。沧州化工集团还建成了国内最大的日产18000m3淡水的苦咸水淡化生产线，实现了劣质地下水的规模工业化处理。
对人类污染成因的劣质地下水，从污染源上进行控制是最妥当的办法。一旦含水层受到污染，治理的难度相当大。目前，国际上主要采用上游截获处理的办法防治地下水污染，即在污染物迁移的路径上降低它的浓度，减轻水源地受到污染的风险。对于进入包气带的可降解污染物，可以通过注气或注入降解菌方法进行去除。对于已经进入含水层的污染物，可以在捕获区将地下水抽出来，经处理后再回灌到含水层，这种方法称为抽出处理法。另外，也可以设置地下反应栅(墙)，让地下水在流过时污染物能够原位降解。这些方法对点源污染比较适用。对于面源污染的地下水，人类目前还缺乏有效的原位修复技术。