1.复制误差
首先是由于
指数基金无法完全复制标的指数配置结构带来的结构性偏离。当指数基金的某些成分股因流动性不足而难以以公允的价格买到时，指数基金将只能采用抽样复制法，增加交易活跃股票的权重，减少流动性差的股票权重。在这个过程中，指数基金的管理团队需要通过建立一系列的数量模型来控制、修正跟踪误差。对复制误差的修正是非常考验管理者能力的。
2.现金留存
另一个误差产生的因素则是基金组合中的现金留存。这一点
ETF基金则占有一定的优势。由于ETF是采取实物申赎的方式进行
一级市场的交易，因此组合中的现金存量一般会非常低，基准指数预期年化预期收益率与现金预期年化预期收益率不一致而导致的跟踪偏离会更小。
3.管理费及其它各项费用
（1）管理费是运营ETFs、复制基准指数的成本，也是基金管理人付出劳动所应得到的报酬。管理费一般占
基金净值的一定比例，如美国ETFs的年度管理费率一般占基金净值的0.08％－0.99％不等。管理费一般是逐日计算、逐月计提。从表1管理费的计算中，我们可以清楚地看出，管理费是如何减少
基金单位净值从而加大ETFs跟踪误差的。
（2）很显然，管理费越高，ETFs组合预期年化预期收益率就会越低，从而跟踪误差就会越大，因为基准指数是“不收任何管理费”的。
（3）另外，其他包括
印花税、扣缴税（WithholdingTaxes）、经纪佣金、买卖报价价差、市场冲击成本、
股利拖累成本、外汇波动成本、注册登记费、指数使用费和其他
交易成本等各项费用成本，在ETFs复制基准指数时，也都会造成净值跟踪误差。
4.收入及再投资差别
1.首先，ETFs与基准指数在成份股的股利分配数量和登记分配时间上存在着差别。采用抽样法复制基准指数的ETFs所获得的股利收入与基准指数所获得的股利收入数量不一致，因为ETFs持有成份股的只数与所持股数与基准指数是不同的。同时，ETFs与基准指数在登记股利分配的时间上也不相同（股利分配一般经历宣布日、
除权日、登记日和支付日，此处指登记日）。比如MSCIiShares系列ETFs是在股票除权当日登记股利收入的，而MSCI指数则是将股利收入按12个月进行分摊后再作登记的（自2001年以后MSCI指数也采用了股票除权当日登记股利收入的做法）。
2.其次，关于股利等收入再投资。ETFs的股利等收入再投资除了受到ETFs结构影响外，比如上面谈到单位投资信托结构的ETFs不能在除权后支付
日立即进行再投资外，还受经纪人是否提供“股利分配自动再投资”业务的限制。比如美国ETFs的经纪人有的提供此项业务，有的则不提供，而持有人通常不能够用数额较少的股利去购买非整数单位的ETFs，只有经过经纪人的特殊处理后才能实现再投资。这样，ETFs在股利等收入再投资方面或多或少都会与其基准指数不同步，往往形成现金拖累。结果，在上涨行情中，ETFs的预期年化预期收益可能会微低于基准指数的预期年化预期收益；而在下跌行情中，则会微高于基准指数的预期年化预期收益，从而形成跟踪误差。
3.再次，关于ETFs本身的预期年化预期收益分配，很多ETFs每个季度向股东支付一次股利，就像股票股利分配一样。在除权日，ETFs的价格会受到股利分配数量的消极影响。因此，在该季度内，ETFs的预期年化预期收益可能会超过其基准指数的预期年化预期收益，体现为资本增值，形成二者的预期年化预期收益偏差。但当股利预期年化预期收益被正确地计入恰当的投资期内时，二者的预期年化预期收益偏差就会立刻消失。同样，资本利得的分配也会导致类似的预期年化预期收益偏差。显然，这种偏差不属于真实的跟踪误差。
5.估值效应
估值效应是指，因采用不同的
估值模型对基准指数中交易不活跃的成份股估值有差别从而导致的跟踪误差。也就是说，当基准指数中含有交易不活跃的成份股时，若ETFs的
基金经理采用不同于基准指数组合的估值模型的话，就会导致对同一只成份股形成两个估值，从而导致净值跟踪误差。