山西农业大学以农学院为王牌学院，以下为农学院的重点专业。
1.作物栽培与耕作学
山西农业大学农学院“作物栽培学与耕作学”学科，是1981年全国首批硕士学位授权点之一，1998年经国务院学位委员会批准为博士学位授权点，2000年正式确定为山西省重点学科。该学科现有教授13人，副教授6人，讲师8人，其中具有博士学位人员12人，具有硕士学位人员12人，博士生导师6名，硕士生导师10名。该学科在长期的研究工作中形成了“旱作栽培与作物生态”、“作物化学调控与逆境生理”、“黄土丘陵区作物栽培理论与技术”及“农田生态环境与可持续发展”等4个稳定的、具有鲜明特色的研究方向。学科现拥有人工气候室、光合测定系统、近红外线光谱仪、高速冷冻离心机、超低温冰柜、动态气孔仪 、水势仪、露点仪、真空干燥灭菌仪、制冰机、光照培养箱、基因枪等大型仪器设备，总价值计690余万元，能为学科发展和博士生的培养提供良好的教学和科研条件。2001-2003年共承担国家“863” “948”、国家自然科学基金、教育部、山西省自然科学基金和科技攻关等科研项目33项，研究经费总计人民币599 万元。在已完成的科研项目中，共获山西省科技进步一等奖1项，二等奖5项，山西省教学成果一等奖1项，二等奖1项。在中外学术刊物上共发表研究论文87篇。主编和参与学术专著及全国统编教材20余部。
2.作物遗传与育种学
农学院作物遗传育种学科创建于1951年，1958年起招收3届研究生，1978年恢复招收研究生，1984年被山西省确定为10个省级重点学科之一，1990年获硕士学位授权点，2003年获得博士学位授权点。
该学科目前已形成三个稳定的研究方向，作物新种质、新品种的创育及遗传理论的研究，植物染色体工程育种，作物优异基因的转移，78—94年共培养硕士生35名，95—99年共招收硕士生25名，2000至今，在校硕士生40余名。目前开设的主要课程：细胞遗传学、数量遗传学、高级作物育种学、细胞生物学、分子遗传学、分子生物学、高级种子学、基因工程原理与技术、植物显微技术、专业外语等。
该学科点现有教师13人，其中教授6人，副教授3人，讲师4人，助教2人。近五年来主持完成的科研项目29项，其中国家级7项，研究经费333万元，获国家级奖2项，省部级7项，发表研究论文183篇，专著7部，该系拥有专业实验室1681平方米，万元以上仪器91台件，总价值516.3万元。研究室分别为：大豆育种研究室、小麦育种研究室、棉花育种研究室、烟草育种研究室、重点学科实验室（配备大量的先进仪器设备）。随着迎评促建工作的进行，该学科点实验研究条件得到进一步改善，学科建设稳步发展，学术梯队整体实力大大提高。
3.农业昆虫与害虫防治
山西农业大学农学院农业昆虫与害虫防治学科，始建于1951年，1985年成立农业昆虫研究所，同年被批准为硕士学位授予点，开始面向全国招收研究生。1988年农业昆虫学被列为山西省重点学科，2000年经国务院学位委员会批准为博士学位授权点。
该学科学术梯队结构合理，整体实力强，后备力量发展潜力大。目前共有正高职称14人，副高职称10人，高级职称平均年龄41岁。其中有山西省青年学科带头人5名、已获博士学位的4人、在读博士生6名、留学归国人员10名。
该学科学术带头人博士生导师汤祊德教授，为世界蚧虫学会委员（六人顾问团成员之一、英国皇家昆虫学会会员、农业部科技委员会委员、中国昆虫学会理事、曾任山西昆虫学会理事长。）多年来从事蚧虫分类和防治的研究，曾主持国家级重大项目多项，发表新属10个、新种112种、国内新记录种231种。出版有关蚧虫等专著7部。这些成果不仅填补了我国蚧类研究的空白，也赢得了国际同行的高度评价和赞誉，匈牙利科学院KOZAR教授为表彰汤祊德教授对蚧虫研究所做出的贡献，以汤氏命名了一个新属——汤氏粉蚧属。
4.植物病理学
山西农业大学农学院植物病理学学科为山西省重点建设学科。是山西农业大学最早招收硕士研究生的学科之一。1997年正式被批准为硕士学位授予点。在作物栽培与耕作学博士点设作物病害致病机理及综合防治研究方向，已招博士生7名。该学科硕士学位授权点设研究方向4个：（1）植物萎焉性真菌病害的致病机理及综合防治； （2）植物真菌病害及植病生理研究；（3）植物病原菌的抗药性及防治策略；（4）生物农药的开发和利用。
该学科现有教授9人（其中博士生导师3名，兼职导师6名），副教授4人（其中兼职导师1名），讲师6人。近十年来，共鉴定科研成果8项，获省级科技成果奖5项，主编或参编专著4部、教材15部，在国内外学术刊物上发表论文120多篇，其中SCI收录10余篇。目前在研的国家及省部级课题10项。
该学科拥有研究室5个，重点实验室1个，专业实验室5个(普病实验室、农病实验室、果菜病实验室、无菌室、标本室)以及配套的玻璃温室、网室、计算机室、病圃等，实验室建筑面积近800 m2。实验配备有大量常规教学设备和先进的研究仪器，价值800余万元，能满足本学科研究生的学习和研究需要。
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