这个问题，如果按照创世神话中的说法，实在也是没有办法的事，毕竟当时天地宇宙间就他俩一男一女，如果他们不结合也就不会有人类存在了。但实际上深究起来，将两人匹配成为对偶神，是汉人天地阴阳宇宙观念的需要。
（一）伏羲女娲兄妹通婚
说起伏羲兄妹二人通婚的记载，并非一开始就有这样的传说，在以上先秦典籍之中，伏羲是伏羲，女娲是女娲，两者并没有在一起，比如在《山海经》中我们看到两人之间，不仅形象有所差异，事迹上也毫无瓜葛。
伏羲的形象在《海内东经》中有载：“雷泽中有雷神，龙身而人头，鼓其腹。在吴西。”
女娲的形象在《大荒西经》中有载：“有神十人，名曰女娲之肠，化为神，处栗广之野。横道而处。”
那么，到底是什么时候，才有了两人成双成对的说法？从相关信息看，应该是到了汉代，汉人将两人相提并论，成为一对对偶神。
比如，在东汉王延寿的《鲁灵光殿赋》中提到了二者：“伏羲鳞身，女娲蛇躯”，这是两者作为对偶神的最早记载。此外，在《淮南子·览冥训》也有这样的记载：“伏戏女娲不设法度，而以至德遗于后世。”
成为对偶神，其实还是没有涉及到两人是兄妹的身份，给两人安上这么一个特殊身份，其实是到了唐末李元的《独异志》中，关于这件事，记载的比较详细：
“昔宇宙初开之时，只有娲兄妹二人在昆仑山，咒曰：‘天若遣我兄妹二人为夫妻，而烟悉合，若不，使烟散。于烟即合。其妹即来就兄。”
简单说就是，在天地宇宙初开的时候，世上只有兄妹俩人，那要怎么繁衍后代？但是如果让伏羲女娲兄妹俩结为夫妻，又觉得十分羞耻，所以为了找到在一起的合理性，索性就交给天意：焚的烟合在一起，则妹就兄，如此才有了芸芸众生！
（二）伏羲女娲人首蛇身
在古史传说和神话中，伏羲女娲的关系有点类似于西方的亚当和夏娃，他们都是繁衍人类的始祖，而且还都有着一个共同的特点，就是与蛇结下了不解之缘。
在西方圣经中，是象征着邪恶和堕落的蛇引诱亚当和夏娃犯了错，但是在中国神话中，伏羲和女娲却呈现出人首蛇身的模样，而他们结合诞生人类的过程，在汉画中则经常被表现为下半身的交尾。
那么，为什么作为人文始祖的伏羲和女娲，会是一幅奇怪的人首蛇身模样，其实这种“人兽结合体”的存在，在上古神话中实际上是古神的标配，象征着神人拥有两方面不同的神性：
人首在上，意味着人的理性层面在上，人首具有智慧、具备理性思考；蛇身在下，意味着人的本能层面在下，蛇身具有动物的本能特性:包括繁衍（交尾），重生（蜕皮），乃至永恒（环状缠绕，长久冬眠）。
所以，从以上两点来看，伏羲女娲兄妹俩结婚，实际上是古人基于阴阳二元论，出于二者对偶神身份的一种加工。