疑问：
1、当然Zend Studio开发的是PHP，我是用注册机注册的，开发的网站会被起诉么；
2、网站可以申请著作权么；
3、我用的eclipse是官网下的，虽然知道它是开源的，但还是想多了解这方面的知识，我用eclipse开发的软件可以申请著作权吧，开发的软件商用后不会被起诉侵权吧；
4、盗版平台开发的软件可以申请著作权么。
以上四个问题希望能得到帮助，尤其以软件著作权方面未尽之处，尤以重要事项还望各位芝麻多多帮助。
你使用的ZS属于开发的IDE，开发出的PHP代码本质上是文本文件。同VS这种IDE不同，微软可以在你release的时候，加入一些特征码，然后当他们获取到你的软件的时候，通过他们的工具比对特征码，就可以知道你使用的IDE究竟有没有他们的授权。
而ZS是不行的，PHP文件的编译过程是在你服务器上调用PHP脚本时进行的，这时候已经和ZS无关了。另一方面，他即使在php文件头部加入特征码，他也无法直接访问到你服务器中的脚本文件。即使进行正版验证，我想他们也是在你打开ZS开发的过程中进行的。所以综上，我认为技术上来讲，他们很难知道你制作的php网站，是不是使用正版授权的ZS制作的，其次，如果你有这方面的担心，可以将所有PHP脚本文件用其他编辑器拷贝、另存一次，就可以完全规避了。
可以。
eclipse开源，是基于Eclipse公共许可证开源的其本身。举个其他例子，假如我开发了一个编辑器，遵循GPL协议开源，GPL协议要求以其协议发行的软件的衍生版本也需要以GPL开源，这时候，如果你制作了一个基于我编辑器的衍生软件，是需要以GPL开源的。而你用我编辑器开发的软件、写的文字，跟我采用的协议是无关的。虽然各个开源协议有所不同，但是基本上都要求的是对软件本身代码的约束，而不是你用这个软件做什么。
申请著作权的时候，只关注著作本身，而非制作著作的工具。举个例子，你写了一个小说，你使用钢笔、毛笔、圆珠笔写，甚至是偷来的笔，都不影响你这个小说的著作权。
最后插一句，写PHP的话，同C#、JAVA这种依赖平台、依赖IDE的语言不同，完全没必要使用IDE，找个好用的编辑器足够了
追问1、您解答的第3点我没太理解，我用的eclipse开发平台是开源的，用它开发的JavaWeb服务端与客户端程序用于商业是否合法；
2、你说的最后一句是指，用Notepad++这种编译器来写PHP程序也可以是么。
3、网站要如何申请著作权，我知道软件要到当地的新闻版权局，或者找版权代理商来做，网站如何申请著作权呢。
这么给你介绍吧，许可证可以理解为两种，一种是其代码本身的许可证，一种是针对这些代码组成的软件使用的许可证。eclipse代码开源使用的协议是Eclipse公共许可证，他限定的是对其代码的授权约束。他约束了你能不能用eclipse这个软件的源码开发软件，例如基于eclipse源码开发的MyEclipse软件，就需要遵循Eclipse公共许可证。至于你使用eclipse软件，需要看的是eclipse的用户许可，这方面不用担心，他没有进行约束。
是的，因为php脚本的编译、调试、运行，其实本身都跟IDE无关，而且语言结构相对简单，使用类似Sublime Text或者Github新出的Atom编辑器，使用var_dump()打印变量，足以进行开发。如果需要单步、断点调试，可以配合xdebug拓展。IDE对于php的开发工作的效率提升并不大。
以《xxx网站系统》提交申请就可以了，和申请普通的终端软件是类似的
最后一个问题了：
我用Java编写的Web服务端程序是否也可以（切必须要申请）申请软件的著作权，以保障自己的知识产权权利。其服务端程序的著作权申请与普通软件备案步骤一样么。
都可以申请的，什么语言都无关的。你可以找个代理帮你做，他们那有模版，你照着填就可以了。