国务院关于企业兼并重组的指导意见旨在实现一系列主要目标。首要任务是推动企业机制转换，强化公司治理，构建现代企业制度，优化内部管理，推动技术革新和创新，淘汰落后产能，降低过剩产能，同时注重节能减排，提升市场竞争力。这一目标将通过实施重点产业调整和振兴政策，特别关注汽车、钢铁、水泥、机械制造、电解铝、稀土等行业，鼓励企业进行强强联合、跨区域并购和国际投资合作，从而提升产业集中度，促进规模化经营，并培育具有自主知识产权和国际影响力的领军企业，推动产业结构升级。
基本原则方面，首先强调企业的主体地位，尊重企业意愿，激发企业活力。通过完善相关政策，引导和激励企业自愿、自主参与兼并重组过程。其次，强调市场化操作，遵循市场规律，行政行为需规范，兼并重组应由企业通过平等协商和合法途径进行，避免非自愿的并购行为。
同时，兼并重组也将维护市场有效竞争，确保产业集中度与中小企业协调发展，确保不同所有制企业公平竞争，形成竞争有序、结构合理的市场格局。最后，保障企业和社会的和谐稳定是关键，确保兼并重组过程中的资产债务处理、职工安置等环节依法合规，维护各方利益主体的合法权益，促进企业与社会的和谐稳定发展。
国务院关于促进企业兼并重组的意见是为深入贯彻落实科学发展观，切实加快经济发展方式转变和结构调整，提高发展质量和效益，现就加快调整优化产业结构、促进企业兼并重组而提出的意见。通过促进企业兼并重组，深化体制机制改革，完善以公有制为主体、多种所有制经济共同发展的基本经济制度。加快国有经济布局和结构的战略性调整，健全国有资本有进有退的合理流动机制，鼓励和支持民营企业参与竞争性领域国有企业改革、改制和改组，促进非公有制经济和中小企业发展。