2002年9月，教育部和卫生部领导共同签署协议，将中国协和医科大学与清华大学进行紧密合作，成立“清华大学北京协和医学院”，该学院被列入“211”和“985”工程建设项目。然而，这一协议在2007年的新协议出台后终止，‘清华大学北京协和医学院’这一名称仅存在于协议文件中，并未正式注册或使用。
2006年9月，根据双方协议，中国协和医科大学改名为北京协和医学院（清华大学医学部），英文名Peking Union Medical College, Tsinghua University。同样，这一名称在2007年协议后停止使用。北京协和医学院（清华大学医学部）的名称源自原有的合作协议，但并未进行正式注册。
2007年的教育部和卫生部协议规定，中国协和医科大学正式更名为“北京协和医学院”，同时为了体现与清华大学的紧密合作，使用了“北京协和医学院-清华大学医学部”的名称。尽管两校共同办学，但并未合并。其中“北京协和医学院”部分源于中国协和医科大学，而“清华大学医学部”则来自清华大学医学院。
尽管如此，北京协和医学院与清华大学医学院的归属仍有明确划分：北京协和医学院仅在临床专业与清华大学合作，护理专业、附属医院和临床教学基地等属于北京协和医学院。清华大学医学院则保留其药学专业、附属医院和教学基地，归属清华大学。
在学历证书方面，临床医学专业的学生和研究生的毕业证书和学位证书会同时盖“清华大学”和“北京协和医学院-清华大学医学部”的公章。而非临床医学专业的学生和研究生，则分别由北京协和医学院和清华大学医学院盖章。
2007年5月18日，中国协和医科大学正式更名为“北京协和医学院”；鉴于与清华大学紧密合作办学的需要，同时使用“北京协和医学院—清华大学医学部”的名称，接受教育部、卫生部双重领导，其原有的隶属领导关系、资产关系和经费管理体制保持不变。