南城街道的历史建置变迁源远流长，其行政区域的演变经历了明朝、清朝和民国时期的多次调整。明代，东莞县的行政区划包括坊、厢、乡、都、图、村等，明朝天顺八年，县内有3坊1厢、5乡20都、180图，崇祯十二年则有2坊1厢、4乡13都、110图和364村。南城街道当时的地域属于恩德乡的第10都，涵盖蚝岗、大蓢等17个村庄，部分归属今南城区和厚街镇。
清朝初期沿用明代的行政区划，乾隆十九年后，村庄归属“五属”管辖，不再区分都、图。到了清宣统三年，缺口司管辖范围广泛，包括今南城街道等地。民国时期，县以下开始设区，划分标准逐渐细化，从25户为1里到10户为1保，县辖区域逐渐明确，南城街道当时归属第一区管辖，设有篁村、平远、周溪、清平等多个乡级行政区域。
1949年中华人民共和国成立后，东莞县行政区划进一步调整，南城街道归属第二区管辖，辖有篁村乡、濂平乡和赤屏乡的部分村庄。随着时间推移，乡、区不断合并和细分，直到1983年撤销人民公社，改设区公所和乡人民政府，南城街道正式成为现在的行政体制。2001年，南城街道办事处更名为现在的南城街道办事处，下辖17个社区居民委员会。
南城街道是福建省龙岩市新罗区所辖的中心区域，是龙岩城区的重要组成部分。辖13个居委会（登高、清泉、大同、翠屏、新岩、小溪、溪畔、兴晖、溪南、隔后、黉门前、新陂、后盂）。