◆妙蛙种子→ 妙蛙草 → 妙蛙花 ♂（妙蛙） · 特性 ：茂盛 · 性格 ：温和 · 曾使用技能 ：一字斩、寄生种子、睡眠粉、香甜气息、飞叶快刀、阳光烈焰、藤鞭、硬化植物 ·小智初入大木研究所时意外放跑了所有接受研究的神奇宝贝，一番周折后，在常磐道馆内发现妙蛙种子，经过共同努力，打倒了袭击他们的野生豪力。通过这起事件，大木博士看到了小智对神奇宝贝的感性，并把妙蛙种子及神奇宝贝图鉴交给这位满怀着希望与理想的少年。在彩虹市郊外它进化成为妙蛙草，在西尔佛公司战役时最终进化为妙蛙花，此后逐渐成为小智的主力。第五章中，它在究极婆婆的特训下掌握草系终极技“硬化植物”。 ◆ 蚊香蝌蚪 → 蚊香蛙 → 快泳蛙 ♂（快泳） · 特性 ：潮湿 · 性格 ：勇敢 · 曾使用技能 ：连环巴掌、影子分身、气合拳、急冻光线、心眼、地球上投、水枪 ·小智童年时得到的第一只神奇宝贝，与小智并肩作战的战例最长，是队伍里的功臣兼元老。它拥有各式强大的攻击体系，其“潮湿”特性能把爆炸性技能失效，使它在火叶篇章中轻而易举打败三兽士查克拉，并粉碎他的阴谋。在绿宝石篇章中，它和阿金的牛蛙君联手摧毁盔甲男（水梧桐）的盔甲。它的两次进化均在枯叶港海域，大木博士由此推断三块进化石就在枯叶港，此推断于第二章坂木从枯叶港海底取出三块进化石并交给小智的事件证实。 ◆ 皮卡丘 ♂（皮卡） · 特性 ：静电 · 性格 ：白痴 · 曾使用技能 ：十万伏特、闪光、愤怒、替身、电击、打雷、冲浪、百万伏特、钢铁尾巴、高压电击、猛毒素 ·在尼比市被小智捕获，此后作为队伍中的先锋大展身手。曾经在小智失踪事件中，与小黄一起行动，并在旅途中用“替身”制造滑板的方式打破常规掌握了“冲浪”，苏芳岛战役末它接受了三位图鉴拥有者的能量，用一百万伏特赶走洛奇亚。第三章中和小黄的秋秋（母性皮卡丘）产下一颗蛋，由阿金孵化为皮丘。第六章中和秋秋、皮丘用“伏特攻击”打败狡猾的海怪（幻影盖欧卡），这只非同寻常的皮卡丘是小智在许多战役中决定胜负的成员。 ◆ 暴鲤龙 ♂（暴鲤） · 特性 ：威吓 · 性格 ：孤僻 · 曾使用技能 ：龙之怒、水炮、破坏死光、叩打、冲浪、泰山压顶 ·小智用大钳蟹和小霞交换所得，精通水中作战之道，惯用的招式大都是强大的水系技能。它曾经是火箭队科学家的“研究成品”，因此时常控制不住自己而变得暴怒异常，小智的团队友情让它渡过难关。 ◆ 卡比兽 ♂（阿贡） · 特性 ：免疫 · 性格 ：淘气 · 曾使用技能 ：肚子大鼓、舍身攻击、地震、硬梆梆、铁头功、百万吨拳击、百万吨飞踢、睡觉、劲力、冲击 ·用妙蛙种子背上的蜜引诱而捕获。虽然食量大，而且一天到晚不停的睡觉，但是到了关键时刻，从它的庞大的身躯中发出的重量级攻击绝对值得信赖。在石英联赛、２之岛的战斗回廊中和小茂的怪力大力对战。 ◆ 化石翼龙 ♂（翼龙） · 特性 ：石头 · 性格 ：急躁 · 曾使用技能 ：龙之爪、飞翔、破坏死光、猛撞、超声波 ·在红莲岛小智与夏伯被火箭队派遣的火焰鸟袭击，临危之中在红莲研究所从坂木赠送的“神秘琥珀”复活，并打退火焰鸟。它的空中优势能够在各种情况下发挥极大作用，助小智脱离险境。
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