答：一题，
【286 工藤新一纽约事件 银发杀人魔为贝尔摩德假扮 毛利兰初见赤井秀一。对兰说过：你又在哭了... 你怎么总是在哭呢... 】
【TV254《本厅刑事恋爱物语4 后篇》 出现在佐藤和白鸟相亲的地方，与小兰擦肩而过，小兰想起似乎在哪里见过他。 】
【 TV271《急忙掩饰的忽略 前篇》 在开头处，小兰上课走神，想起了赤井秀一。“肯定见过，应该没错，可是是在哪里见的他呢，那个戴黑色针织帽的男人。还有，说不出是什么感觉，一想起他就有种失去什么的感觉，心惊肉跳，和那个时候（新一离开她）很像的，不祥的预感。”小兰的这些想法无疑增重了赤井秀一身份的谜团，是否也预示着，赤井可能不会有美满的结局？】【TV284《中华街 雨中的似曾相识 前篇》 在开头处，看到雨的小兰，想起了站在纽约街头的赤井秀一。 】
【TV495《红与黑的碰撞 昏睡》 在杯户中央医院，和柯南共同调查英佑的身份，监护水无怜奈。 】
二题，
【那是回忆。是朱蒂小时候的事】
【 西部名侦探vs英语老师 案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑朱蒂=克里丝，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去朱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对朱蒂的试探未果。（这一集的重点就是在最后朱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样，按照后来的说法，这是朱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的，同时朱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀。另外柯南最后说的除朱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出）。】
三题，
【黑暗中的死角 新出智明的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案。（新出正式登场） 贝尔摩德制造车祸企图害死新出智明一家，并开始假冒新出智明的身份。另一方面，长大的朱蒂加入了FBI，追查贝尔摩德来到了日本，在察觉了贝尔摩德的企图后暗中救下新出智明，并且自己以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来，以便于监视。 】
四题，
【直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 作为贝尔摩德的同伙，卡尔瓦多斯用枪击伤了FBI的Judy，但后来赤井秀一出现，夺走了他身上的数把枪，并打断了他的双腿。可是他身上仍剩余一把手枪，在赤井秀一想把他带回去作线索时自杀。这家伙也是个倒霉货色，连真正的样子都没瞧见就死了。】
五题，
【柯南的指纹】【339.4台保时捷（后篇）（正面看到哀，发现她就是sherry） 】
六题，
【345 与黑暗组织正面对决 满月之夜的双重推理 】
七题，
【TV338《4台保时捷 前篇》 TV339《4台保时捷 后篇》 当在电视中看到柯南的样子时，急刹车向酒店开去，值得注意的是在车子里挂的灰原的照片。咬着香烟冷笑的表情让人印象深刻， 看着灰原的照片说“太像了” （应该是指像她姐宫野明美） 】
八题，
【 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件（柯南听到了贝尔摩德给boss发邮件时的按键声，即后来查出的“七个孩子”的曲子）。】
九题，
【 赤井秀一原本和GIN一样是长头发，在新一变成柯南之前两年以"诸星大"的假名潜入黑暗组织。我认为作为‘同事’，应该认识吧】
十题，
【不知道，你问问别人吧】
十一题，
【 GIN&VODKA初次登场，让新一一夜之间缩小变成了柯南,住进了小兰家里。 《奇怪的寻亲杀人事件》宫野明美第一次也是最后一次正面出场。柯南对组织有了初步认识。 兰第一次怀疑柯南的身份，阿笠博士帮忙解围。 GIN&VODKA再次登场，柯南知道了二人的代号。 新一再次登场！就此知道了感冒+白干能使他恢复原状，不过时间不长。 龙舌兰登场，旋即被炸死。原来组织在寻找程序设计员。 小兰再一次怀疑柯南身份，这次是有希子帮的忙。 （基德闪亮登场。究竟基德在柯南里只是客串还是最终会和主线联系上还是未知数。） 灰原登场亮相。柯南第一次知道了药的名字是APTX4869。药的资料却由于病毒“暗夜公爵”灰飞烟灭了。 从灰原那里得知了组织的计划始于半个世纪前，但究竟是什么不得而知了。“人是不能违逆时光洪流的”，这句话在后面还会出现。 新出医生登场，谁也不会想到，一场看似普通的谋杀案竟然会为近二十卷之后才出现的情节埋下伏笔。 峰回路转，高潮迭起的《与黑衣组织的再次重逢》！灰原解释了APTX4869原来是细胞程序性死亡。Vermouth在这里第一次露面。皮斯克与灰原的父母很熟悉，药的开发在灰原父亲的时代就开始了。GIN提到了“那位先生”，在以后会经常出现。 兰再一次怀疑柯南的身份，这一次的情节被很多柯迷奉为经典。 朱蒂老师登场，身份可疑的外国女人。 在人鱼岛上发现了宫野志保的签名，究竟有何隐情？ Vermouth再次露面，“黑的和黑的混在一起，只会变得更黑”。茱蒂，新出同时出现在了巴士上，令灰原感到了前所未有的恐惧。赤井秀一第一次登场。 熊猫车事件，Mr Black登场。灰原在与赤井擦肩而过的瞬间竟然露出了恐惧。 赤井出现在了佐藤相亲的地方，继而又在监视侦探事务所，究竟有何目的？茱蒂老师提到“FBI”。 Vermouth的箭靶上贴上了柯南，兰，灰原的照片。柯南和平次去拜访茱蒂老师，可是神秘的女人还真不容易参透。 金苹果事件隆重登场！时间回到一年前，当时的赤井还是一头长发。沙朗登场，她和有希子曾经同门学过易容。新一和兰救了杀人魔，一处精心准备的伏笔。 白色的雪，黑暗的影子，黑衣组织再度出场，这次他们的目标是程序设计师板仓。柯南和GIN的第一次正面交手，柯南一度陷入危机，可最后不知是GIN放水还是疏忽，柯南侥幸逃过一劫。板仓的日记里内容丰富，有“态度高傲讨厌猫的女王”，还有“我们要违逆时光的洪流，让死人复活”。组织的目的起始浮出水面。 可疑的人物的活动更加频繁了，看不见的包围圈正一步一步缩小，于是灰原又感冒了。明美在人们的回忆里再度登场，留给了妹妹几盘录音带，可是内容只有灰原知道了（尤其是最后使哀吃惊的留言）。灰原的父母浮出水面，“Hell Angle”由此而来。 满月之夜的二元推理！精彩的高潮，揭开了很多的谜题，许多人物的身份水落石出，但是又提出了新的悬疑。vermouth的手机按键音成了日后剧情发展的新线索。 原来那个手机按键音是《七个孩子》的开头音乐。 与黑衣组织魔掌碰触的瞬间，组织的成员Kir,Chianti,Korn登场。本堂英佑登场，在以后的发展中，他和水无怜奈成为了主要线索。 血型疑案自此而始。 （有一集铃木大爷说“他（基德）很喜欢大宝石”）】
ps：我觉得我回答得还是有那么完整哈~
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