如果发票金额小于实际付款额，会计处理可以采取以下策略：
首先，根据实际发票金额入账，差额部分暂时挂入往来科目，待补回发票后冲减相应的款项。例如，购货时的会计分录可以这样记录：借记库存商品，预付账款，贷记银行存款。
如果无法补回发票，差额将无法立即处理，可以挂账作为待处理事项，待将来评估为坏账时进行处理。
发票金额与实际到账金额不一致可能会带来风险，关键在于根据实际业务确认入账。常见情况包括：
购买方未付清账款：无需特殊处理，按实际收到的款项入账。
销售折扣和折让：按照扣除折扣后的金额确认收入，开具负数发票，并相应调整销售收入和应收账款。
销售退货：与折扣折让处理方式类似，需冲减相关科目。
购买方扣减费用：费用应记入销售费用，如未取得对方费用发票，可能影响所得税计算。
增值税发票开票系统数据与实际报税数不一致，可能的原因包括硬盘损坏、更换金税卡、计算机型号不匹配或软盘质量问题等。根据《增值税专用发票数据采集管理规定》，征收机关会根据具体情况处理报税子系统中数据的不一致。