复旦医学院更好。
复旦医学院和交大医学院都是中国顶尖的医学院校，具有很高的学术声誉和优秀的教育资源。然而，在综合比较两所学院的各个方面后，可以得出复旦医学院更好的结论。
复旦医学院的优势：
1. 学术声誉：复旦医学院作为国内一流的医学院，拥有雄厚的学术实力和卓越的师资力量。学院的研究成果在国内外享有很高的声誉，为学生提供了良好的学术氛围。
2. 教育资源：复旦医学院拥有先进的教学设施和丰富的教育资源，为学生提供了良好的学习条件。学院注重培养学生的综合素质，提供多样化的课程和实践机会。
3. 学科设置：复旦医学院的学科设置齐全，涵盖了医学、药学、护理学等多个领域。学院在医学领域的研究和教学具有很高的水平，为学生提供了广泛的学习选择。
交大医学院的优势：
交大医学院在医学领域也有很高的声誉，学院拥有优秀的师资力量和先进的教学设施。学院注重培养学生的实践能力和创新精神，为学生提供了一定的实践机会和科研项目。此外，交大医学院的毕业生就业情况也较好。
然而，与复旦医学院相比，交大医学院在某些方面还存在一定的差距。例如，在学术声誉、教育资源等方面，复旦医学院具有更明显的优势。当然，每所学院都有其独特的优势和特色，学生可以根据自己的兴趣和目标选择适合自己的学院。