扫描电镜的成像原理与透射电镜的不同有：方式不同、实现不同、电子吸收不同。
1、方式不同：
扫描电镜和电视扫描原理相同的成像方式，透射电镜和光学显微镜或者照相机成像原理相同的成像方式。
2、实现不同：
扫描电镜利用扫描透射电子显微镜可以观察较厚的试样和低衬度的试样。透射电镜利用扫描透射模式时物镜的强激励，可以实现微区衍射。
透射电子显微镜是把经加速和聚集的电子束投射到非常薄的样品上，电子与样品中的原子碰撞而改变方向，从而产生立体角散射。
散射角的大小与样品的密度、厚度相关，因此可以形成明暗不同的影像，影像将在放大、聚焦后在成像器件（如荧光屏、胶片、以及感光耦合组件）上显示出来。
3、电子吸收不同：
在放大倍数较低的时候，TEM成像的对比度主要是由于材料不同的厚度和成分造成对电子的吸收不同而造成的。而当放大率倍数较高的时候，复杂的波动作用会造成成像的亮度的不同，因此需要专业知识来对所得到的像进行分析。
通过使用TEM不同的模式，可以通过物质的化学特性、晶体方向、电子结构、样品造成的电子相移以及通常的对电子吸收对样品成像。
扫描电镜：
1、镜筒：
镜筒包括电子枪、聚光镜、物镜及扫描系统。其作用是产生很细的电子束（直径约几个nm），并且使该电子束在样品表面扫描，同时激发出各种信号。
2、电子信号的收集与处理系统：
在样品室中，扫描电子束与样品发生相互作用后产生多种信号，其中包括二次电子、背散射电子、X射线、吸收电子、俄歇电子等。在上述信号中，最主要的是二次电子，它是被入射电子所激发出来的样品原子中的外层电子，产生于样品表面以下几nm至几十nm的区域。
3、电子信号的显示与记录系统：
扫描电镜的图象显示在阴极射线管（显像管）上，并由照相机拍照记录。显像管有两个，一个用来观察，分辨率较低，是长余辉的管子；另一个用来照相记录，分辨率较高，是短余辉的管子。