新疆大学和石河子大学综合实力差不多，那个好因人而异。下面多角度进行二者对比：
一、学校荣誉对比
1、新疆大学：是国家“双一流”世界一流大学建设高校、综合性全国重点大学、教育部与新疆维吾尔自治区人民政府合作共建高校、国家“211工程”重点建设高校、国家西部大开发重点建设高校，入选国家“111计划”、中西部高校综合实力提升工程。
2、石河子大学：是国家世界一流学科建设高校、部省合作共建高校、国家211工程重点建设高校、中西部高校综合实力提升工程高校、中西部高校基础能力建设工程高校。其前身是第一兵团卫生学校，后由原石河子医学院、石河子农学院、兵团师范专科学校、兵团经济专科学校合并组建而成。
二、师资力量对比
1、新疆大学：据学校官网，截至2021年3月，学校现有专任教师1920人，具有高级职称专任教师953人，具有博士学位教师801人。
中宣部文化名家暨四个一批（宣传思想文化青年英才）1人，自治区突出贡献优秀专家17人，自治区文化名家暨“四个一批”人才和文化产业领军人才4人，自治区“国家高层次人才特殊支持计划”9人。
2、石河子大学：据学校官网，截至2021年6月24日，学校现有教职工2581人，专任教师1860人，中国工程院院士1人，青年学者2人、讲座教授1人，国家“973计划”项目首席科学家2人。
三、学术研究对比
1、新疆大学：截至2013年，学校有各类科研平台67个，其中，自治区级协同创新中心2个，校级协同创新中心8个；省部共建重点实验室4个，自治区重点实验室6个，自治区教育厅普通本科高校重点实验室7个，校级重点实验室11个。
2、石河子大学：截至2021年6月，学校现有国家国际科技合作基地3个，省部共建国家重点实验室培育基地2个，教育部省部共建重点实验室2个。
教育部工程中心2个，国家地方联合工程研究中心1个、国家地方联合工程实验室2个，兵团重点实验室4个，兵团工程技术研究中心3个，兵团协同创新（培育）中心4个。自治区教育厅重点实验室4个，自治区和兵团文科重点研究基地4个。