二者性质不同
国企的本质是所有人是国家或者地方政府的企业单位，主要目的是盈利。而事业单位相当于是一个为人民服务的非盈利性机构，是为了国家正常运转而设置的机构。说白了就是“事业单位吃皇粮，企业单位自己闹”。
2、二者经费来源不同
事业单位按不同的种类，由国家财政或全部或部分或一点不负担。而企业编制的国企则和国家财政完全没有关系，财政的来源主要是通过企业的运营效应，根据自身的盈亏决定的。

3、二者待遇工资不同
由于国企是自负盈亏，所以工资发放属于国企自己管理，工资由国企自己发放，国家不给，如果企业的经营状况很好，那么国企员工和领导的工资就比较高。
而事业单位是国家财政核拨，工资发放由国家负担。事业单位的工资形式有三种：一种是全额参照公务员待遇,全额国家财政拨款，像林业局。
一种是差额的,国家给一个百分点，然后自己单位给你发一个百分点，像公立医院。还有一种就是国家只管编制，不管工资，只给政策，不给钱，如博物馆。
如果单位是全额财政，退休还是吃财政，前提是你要是正式人事编制。如果国家不管你们单位的工资，退休就要吃社会养老。
一般的事业单位工作人员大体分为编制人员和非编制人员（非编制人员就是本单位自行外聘的人员，就象企业聘用一样，由单位自行规定其待遇，付给其工资，与地方财政没有关系）。所以，非编制人员的待遇不一定比编制人员差。目前多数改革后的事业单位对新进的人员，包括事业编制的人员在审查档案后，交给人才中心保管。另外国家也在积极推行事业单位人员雇佣制这将逐渐改变事业单位编与企业编的差距。
请问“享受事业单位工作人员待遇”是否就是“事业单位编制内人员待遇”
不是。
事业单位有编内人员和编外人员。
在政府机关或事业单位和国有企业的具体工作运行中，往往是由上级编委对该政府机关或企事业单位下达“三定方案”，即定职能、定岗位、定人员。这个“定人员”，就是定编制。而这些编制人员的办公经费、工资福利等，均有政府财政保证。
但是随着社会的进步和工作要求的不断提高和细化，使上述单位中原有的人员难以承担现有的工作量，因此很多单位在编制以外招聘人员，而这些人员显然就成了“编外人员”。
事业单位不在编就是本单位自行外聘的人员，就象企业聘用一样，由单位自行规定其待遇，付给其工资，与地方财政没有关系。
差别改革方向：
一是逐步取消事业单位人员编制管理制度。这
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