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学校设有基础医学院、药学院、中医学院、蒙医药学院、公共卫生学院、口腔医学院、卫生管理学院(自治区卫生政策研究所)、外国语学院、计算机信息学院、护理学院(卫生技术学校)、思想政治理论教研部、实践教学部、体育教学部、研究生学院、国际教育学院(对外合作与交流中心)、继续教育学院等16个教学单位，有3所直属附属医院、4所非直属附属医院，8所临床医学院。在区内外设有实践教学基地120个。其中，医学类专业实践教学基地50个、非医学类专业实践教学基地70个。
经过60年的建设和发展，内蒙古医科大学为国家培养各级各类人才7万余名，为自治区经济发展、社会进步、科技创新、文化传承、民族团结、边疆稳定做出了重要贡献，已成为一所具有鲜明办学特色的地方高等医药院校。2007年，学校顺利通过国家教育部本科教学工作水平评估，被评为“优秀”等次。