大豆缺钼症多发生在酸性土壤上，特别是游离铁、铝含量高的红壤、砖红壤，淋溶作用强的砂土、酸性岩发育的土壤、灰化土及有机土。北方黄土母质及黄河冲积物发育的土壤含钼量较低。酸性土壤对钼的吸附固定能力很强，还可形成铁、铝等的难溶性钼酸盐沉淀，使土壤中的有效钼减少。长期大量施用酸性或生理酸性肥料会导致土壤尤其是根际土壤酸化，使钼的有效性降低。
大豆钼、磷、硫的缺乏常会同时发生，在大豆对磷、硫的需要未满足以前，可能不表现缺钼现象，施用钼肥效果较差。在施用磷肥以后，最容易出现缺钼现象。
因此，磷肥和钼肥配合施用效果很好。硫也会加重钼的缺乏，主要是硫酸根与钼酸根离子相互争夺根系上的吸附位置而影响钼的吸收。土壤溶液中锰离子浓度过高会抑制作物对钼的吸收，使大豆出现缺钼症状。