有机肥是指以有机物质为主要成分的肥料，它含有大量的有机质和有益微生物，可以改善土壤质地，提高土壤肥力，促进作物生长。有机肥可以通过动物粪便、植物残体、生物质等有机物质发酵制成，它们都是非常优秀的土壤改良剂和地力培肥剂，对改善土壤结构、提高土壤养分容量、增强土壤保肥保水能力、调节土壤酸碱度、促进土壤微生物活动、提高土壤养分有效性等都具有良好的作用。
常见的有机肥包括：动物粪便、植物残体、生物质、饼肥、高温堆肥等。动物粪便包括人粪尿和各种牲畜、家禽的粪便；植物残体包括各种作物的桔秆、动物和植物的残体、人畜的粪便等；生物质包括各种农作物秸秆、木材、锯末、稻草、麦秸、玉米秸秆等；饼肥包括茶籽饼、菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、各类作物的桔秆、动物和植物的残体、人畜的粪便等；高温堆肥是以作物秸秆、人（畜）粪便、饼肥加上土和化肥堆积而成的肥料。
有机肥的优点是含有丰富的有机质和植物所需的多种营养元素。有机肥还是非常优秀的土壤改良、地力培肥剂，对改善土壤结构、提高土壤养分容量、增强土壤保肥保水能力、调节土壤酸碱度、促进土壤微生物活动、提高土壤养分有效性等都具有良好的作用。有机肥还可以提高作物抗逆性，改善作物品质，提高作物产量。
有机肥的缺点是养分含量低，不易分解，不能及时满足作物高产的要求。有机肥的使用也需要注意一些问题，比如要控制施肥量，以免过量施肥造成土壤肥力过剩，影响作物生长。此外，有机肥的发酵过程也需要注意，以免发酵不彻底，影响肥料的效果。
总之，有机肥是一种非常优秀的肥料，它可以改善土壤质地，提高土壤肥力，促进作物生长，提高作物产量和品质。但是在使用有机肥时也需要注意一些问题，以免影响肥料的效果。
广义上的有机肥：俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物组成，如人畜粪便、秸秆、动物残体、屠宰场 有机肥，废弃物等。
另外还包括饼肥（菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等）；堆肥；沤肥；厩肥；沼肥；绿肥等。 主要是以供应有机物质为手段，借此来改善土壤理化性能，促进植物生长及土壤生态系统的循环。
部分“广义上的有机肥”品种：堆肥：各类桔秆、落叶、青草、动植物残体、人畜粪便为原料，按比例相互混合或与少量泥土混合进行好氧发酵腐熟而成的一种肥料。 沤肥：沤肥所用原料与堆肥基本相同，只是在淹水条件下进行发酵而成。
厩肥：指猪、牛、马、羊、鸡、鸭等畜禽的粪尿与秸秆垫料堆沤制成的肥料。 沼气肥：在密封的沼气池中，有机物腐解产生沼气后的副产物，包括沼气液和残渣。
在罗马时代，农民就发现在种植过豆科植物的大田里种植谷类作物时，其产量有所提高，因此，就注意到细菌能增富农业土壤中的营养。直至19世纪，德国的苜蓿种植者和美国的一些大豆种植者，他们利用苜蓿田或大豆田的土壤。
转移接种至新的农田，从而使作物产量得到提高。1838年，法国农业化学家布森高（J.B.Boussingault）发现了豆科植物能固定氮。并于1843年建立了第一个农业试验站，对各种轮作制中作物产量和成分进行了较为精确的分析。
1886-1888年德国科学家赫尔里格尔（H.Hellriegal）在砂培条件下证明，豆科植物只有形成根瘤菌才能固定大气中的氮。1888年荷兰学者贝叶林克（M.W.Beijerinck）分离了根瘤菌，这是微生物肥料方面的突破。
现已明确那是根瘤菌的作用。这些细菌的发现，促使了第一家美国公司纳特尔公司于1898年生产和销售了土壤细菌接种剂。自此以后，就有诸多的细菌制剂用于土壤和农作物种子的拌种和包衣。