真菌性鼻-鼻窦炎的治疗原则：①早期的手术治疗，侵袭型者一经确诊应尽早手术，清除鼻腔和鼻窦内真菌病原和坏死及不可逆的病变组织，恢复鼻窦的通畅引流。②药物治疗。
1．手术治疗 手术方式和范围应根据病变范围和患者的具体情况而定。病变不严重的（如真菌球、变应性真菌性鼻-鼻窦炎、慢性侵袭性真菌性鼻-鼻窦炎）一般均可采用鼻内镜手术彻底清除病灶及病变组织，保留正常粘膜，创造鼻窦宽敞的通气和引流。病情严重，病变范围广者，可采用柯-陆氏手术（Caldwell-Luc operation）、鼻侧切开术（lateral rhinotomy）或与鼻内镜手术联合等术式。病变累及颅内时可采用颅面联合术式，并于术前应用抗真菌药物，术后可应用抗真菌药物冲洗鼻腔和鼻窦。
中药疗法：中药治疗常用真菌性鼻窦炎，中草药配方：苍耳子30克、辛夷20克、黄芩35克、细辛4克、白芷25克、龙胆草10克等中草药材，手工工序，精心选药、晾晒、研磨，外用，一日两次，对真菌性鼻窦炎有确切效果。
2．药物治疗
（1）急性侵袭性真菌性鼻-鼻窦炎术后必须用抗真菌药物，伊曲康唑（itraconazole）和两性霉素B（amphotericin B）为常用的抗真菌药物，剂量可根据病情和患者耐受性而定。经手术和两性霉素B治疗病情已被控制或病情较轻者，可用酮康唑或伊曲康唑口服治疗。
（2）变应性真菌性鼻-鼻窦炎手术后应用糖皮质激素是非常重要的辅助治疗。激素应用的剂量为强的松30mg/d～40mg/d，口服一周后剂量减半，继续服用一个月，然后按0.2
mg/（kg·d）服用4个月，再按0.1mg/（kg·d）服用2个月，同时应用人工合成长效类固醇鼻内喷雾。有报道称以对患者致病的真菌浸液进行免疫治疗，可减少术后激素的用量和变应性真菌性鼻窦炎的复发率。
3．对症支持治疗 增强抵抗力，恢复免疫功能，治疗原发病，停用抗生素及免疫抑制剂。必要时输全血或血浆。
