病原菌的致病物质可分为毒素和侵袭力两大类。毒素对宿主有毒，能直接破坏机体的结构和功能。侵袭力本身无毒性，但能突破宿主机体的生理防御屏障，并可在机体内生存下来（医学上称为定殖）、繁殖和扩散。如果把毒素当作“元凶”，那侵袭力就是“帮凶”。
依据细胞壁结构的不同，可将病原菌（病毒除外，因为病毒没有完整的细胞结构）分为革兰氏阳性和革兰氏阴性两类。对于病原菌的毒素来说，可被分为根据性质、作用和产生菌的不同，将其分为外毒素（主要由革兰氏阳性菌产生）和内毒素（主要由革兰氏阴性菌产生）两种。下面的表格列出了细菌外毒素和内毒素的主要区别。
外毒素和内毒素的区别 性质 外毒素 内毒素 存在部位 由活的细菌释放至细菌体外 为细菌细胞壁结构成份，菌体崩解后释出 细菌种类 以革兰氏阳性菌多见 革兰氏阴性菌 多见 化学组成 蛋白质（分子量27，000～900，000） 磷脂一多糖一蛋白质复合物（毒性主要为类脂a） 稳定性 不稳定，60℃以上能迅速破坏 耐热，60℃耐受数小时 毒性作用 强，微量对实验动物有致死作用（以ug计量）。各种外毒素有选择作用，引起特殊病变，不引起宿主发热反应。抑制蛋白质合成，有细胞毒性、神经毒性、紊乱水盐代谢等 稍弱，对实验动物致死作用的量比外毒素为大。各种细菌内素的毒性作用大致相同。引起发热、弥漫性血管内凝血、粒细胞减少血症、施瓦兹曼现象等 抗原性 强，可刺激机体产生高效价的抗毒素。经甲醛处理，可脱毒成为类毒霉，仍有较强的抗原性，可用于人工自动免疫 刺激机体对多糖成份产生抗体，不形成抗毒素，不能经甲醛处理成为类毒素
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